et årti senere, i starten af borgerkrigen, fik Jackson til opgave at tjene som oberst for Virginia-styrkerne og blev sendt til Harpers Ferry. Senere sluttede han sig til andre konfødererede styrker.
det var ved det første slag ved Bull Run, At Jackson fik sit kaldenavn “Stenmur.”Han og hans tropper stod op til fjendens angreb” som en stenmur”, ifølge konfødereret General Barnard Bee, der brugte oberst Jacksons eksemplariske opførsel til at opmuntre sine styrker.
i November 1861 blev Jackson forfremmet til generalmajor og fik kommandoen over hele Shenandoah-dalen. I en række kampe, kendt som Valley Campaign, besejrede Jackson med succes Unionsstyrker, bestræbelserne kulminerede i slagene ved Cross Keys og Port Republic den 8.og 9. juni 1862.
Jackson sluttede sig derefter til General Robert E. Lee i det, der blev kendt som Seven Days’ battle. Selvom hans oprindelige præstation ikke var imponerende, var Jackson i stand til at besejre EU-styrker i August 1862 i slaget ved Cedar Mountain, som satte scenen for sejren ved Andet slag ved Bull Run.
Jackson var også en succes i den efterfølgende Antietam kampagne, hvor han blev forfremmet til generalløjtnant.
i December 1862 befalede Jackson tropper i Slaget ved Fredericksburg. I det efterfølgende Slaget ved Chancellorsville, Lee og Jackson gentog taktikken i second Bull Run; det involverede en hurtig drejning bevægelse af tropperne, der forsikrede deres sejr mod General Hookers Unionsstyrker den 2.maj 1863.
den komplekse manøvre havde imidlertid fatale konsekvenser. Da nye Unionstropper rykkede frem mod Jacksons mænd, opfordrede han sine styrker til at fortsætte med at marchere. For at undgå åben ild skar Jackson gennem skoven og endte i frontlinjen for sine egne tropper. Ved at forveksle ham med fjenden skød de konfødererede soldater Jackson. Hans sårede arm blev amputeret, og han udviklede snart lungebetændelse. Jackson døde den 10. maj 1863 på et hospital 30 miles fra kampstedet.