Ein Jahrzehnt später, zu Beginn des Bürgerkriegs, wurde Jackson beauftragt, als Oberst für die Streitkräfte von Virginia zu dienen, und nach Harpers Ferry entsandt. Später schloss er sich anderen konföderierten Streitkräften an.
Bei der ersten Schlacht von Bull Run erhielt Jackson seinen Spitznamen „Stonewall.“ Er und seine Truppen standen dem feindlichen Angriff „wie eine Steinmauer“ gegenüber, so der General der Konföderierten, Barnard Bee, der Colonel Jacksons vorbildliches Verhalten nutzte, um seine Streitkräfte zu ermutigen.3394 Im November 1861 wurde Jackson zum Generalmajor befördert und erhielt das Kommando über das gesamte Shenandoah Valley. In einer Reihe von Schlachten, die als Valley Campaign bekannt sind, besiegte Jackson erfolgreich die Unionstruppen, die am 8. und 9. Juni 1862 in den Schlachten von Cross Keys und Port Republic gipfelten.3394 Jackson schloss sich dann General Robert E. Lee in der sogenannten Sieben-Tage-Schlacht an. Obwohl seine anfängliche Leistung nicht beeindruckend war, konnte Jackson im August 1862 die Streitkräfte der Union in der Schlacht von Cedar Mountain besiegen, die die Voraussetzungen für den Sieg in der zweiten Schlacht von Bull Run bereitete. 3394 Jackson war auch in der anschließenden Antietam-Kampagne erfolgreich, wo er zum Generalleutnant befördert wurde.
Im Dezember 1862 kommandierte Jackson Truppen in der Schlacht von Fredericksburg. In der anschließenden Schlacht von Chancellorsville, Lee und Jackson wiederholten die Taktik von Second Bull Run; es handelte sich um eine schnelle Drehbewegung der Truppen, die ihren Sieg gegen General Hookers Unionstruppen am 2. Mai 1863 sicherten.
Das komplexe Manöver hatte jedoch fatale Folgen. Als frische Unionstruppen auf Jacksons Männer vorrückten, forderte er seine Streitkräfte auf, weiter zu marschieren. Um offenes Feuer zu vermeiden, schnitt Jackson durch den Wald und landete an der Front seiner eigenen Truppen. Die konföderierten Soldaten verwechselten ihn mit dem Feind und erschossen Jackson. Sein verletzter Arm wurde amputiert, und er entwickelte bald eine Lungenentzündung. Jackson starb am 10.Mai 1863 in einem Krankenhaus 30 Meilen vom Ort der Schlacht.