Las cebollas deben almacenarse a temperatura ambiente, lejos de la luz brillante y en un área bien ventilada. Para lograr mejor este objetivo, colóquelos en una canasta colgante de alambre o en un tazón perforado con una base elevada para que el aire pueda circular por debajo. La duración de la capacidad de almacenamiento varía según el tipo de cebolla. Aquellos que tienen un sabor más picante, como las cebollas amarillas, se mantendrán más tiempo que aquellos con un sabor más dulce, como las cebollas blancas, ya que los compuestos que producen el sabor agudo también son conservantes naturales. Las cebollas verdes deben guardarse en una bolsa de plástico perforada en el refrigerador, donde se mantendrán durante aproximadamente una semana. Todas las cebollas deben almacenarse lejos de las papas, ya que absorberán su humedad y gas de etileno, haciendo que se echen a perder más fácilmente.
El resto de las cebollas cortadas debe envolverse herméticamente en una envoltura de plástico o almacenarse en un recipiente sellado. Se oxidan rápidamente, por lo que tendrá que usarlos en uno o dos días. Las cebollas cocidas mantendrán su mejor sabor en un recipiente hermético, pero conservarán su sabor y frescura durante solo uno o dos días. No los guarde en recipientes de metal o recipientes de almacenamiento, ya que esto hará que se decoloren. Las cebollas peladas y picadas se pueden congelar, pero este proceso hará que pierdan gran parte de su sabor.