Au déclenchement de la guerre entre la France et l’Autriche en 1805, Ferdinand IV de Naples avait conclu un traité de neutralité avec Napoléon mais, quelques jours plus tard, déclarait son soutien à l’Autriche. Il a permis à une grande force anglo-russe de débarquer dans son royaume. Napoléon, cependant, fut bientôt victorieux. Après l’éclatement de la Guerre de la Troisième Coalition le 5 décembre à la bataille d’Austerlitz, Ferdinand subit les foudres de Napoléon.
Le maréchal André Masséna dirigea l’invasion de Naples en 1806.
Le 27 décembre 1805, Napoléon publia une proclamation du Schönbrunn déclarant que Ferdinand avait confisqué son royaume. Il a dit qu’une invasion française suivrait bientôt pour s’assurer que « le meilleur des pays soit libéré du joug des plus infidèles des hommes.’
Le 31 décembre, Napoléon ordonna à Joseph Bonaparte de se rendre à Rome, où il serait affecté au commandement de l’armée envoyée pour déposséder Ferdinand de son trône. Bien que Bonaparte soit le commandant en chef nominal de l’expédition, le maréchal Masséna est au commandement effectif des opérations, le général Saint-Cyr en second. Mais, Saint-Cyr, qui avait auparavant occupé le commandement supérieur des troupes françaises dans la région, démissionna bientôt pour protester contre le fait d’être subordonné à Masséna et partit pour Paris. Un Napoléon outré ordonna à Saint-Cyr de retourner immédiatement à son poste.
Le 8 février 1806, la force d’invasion française de quarante mille hommes traversa Naples. Le centre et la droite de l’armée commandée par Masséna et le général Reynier avancent au sud de Rome, tandis que Giuseppe Lechi mène une force sur la côte adriatique depuis Ancône. Sur la recommandation de son frère, Bonaparte s’attache à Reynier. L’avance française ne rencontra que peu de résistance. Avant même que les troupes françaises n’aient franchi la frontière, les forces anglo-russes avaient battu une retraite prudente, les Britanniques se retirant en Sicile et les Russes à Corfou. Abandonné par ses alliés, le roi Ferdinand avait également déjà mis le cap sur Palerme le 23 janvier. La reine Maria-Carolina s’attarde un peu plus longtemps dans la capitale mais, le 11 février, s’enfuit pour rejoindre son mari.
Le premier obstacle rencontré par les Français fut la forteresse de Gaète ; son gouverneur, le prince Louis de Hesse-Philippsthal, refusa de rendre sa charge. Il n’y eut pas de retard significatif des envahisseurs, car Masséna détacha une petite force pour assiéger la garnison avant de continuer vers le sud. Capoue ouvrit ses portes après seulement une résistance symbolique. Le 14 février, Masséna prend possession de Naples et, le lendemain, Bonaparte fait une entrée triomphale dans la ville. Reynier est rapidement envoyé pour prendre le contrôle du détroit de Messine et, le 9 mars, inflige une défaite écrasante à l’armée royale napolitaine à la bataille de Campo Tenese, la détruisant efficacement en tant que force combattante et sécurisant tout le continent pour les Français.
Portrait de Joseph Bonaparte, roi de Naples, par Jean-Baptiste Wicar
Le 30 mars 1806, Napoléon publia un décret installant Joseph Bonaparte comme roi de Naples et de Sicile ; le décret disait ce qui suit:
« Napoléon, par la Grâce de Dieu et les constitutions. Empereur des Français et Roi d’Italie, à tous ceux à qui ces présents viennent, salutations. Les intérêts de notre peuple, l’honneur de notre Couronne et la tranquillité du Continent européen exigeant que nous assurions, de manière stable et déterminée, le sort du peuple de Naples et de Sicile, tombé en notre pouvoir par le droit de conquête, et qui fait partie du Grand Empire, nous déclarons que nous reconnaissons, comme Roi de Naples et de Sicile, notre bien-aimé frère, Joseph Napoléon, Grand Électeur de France. Cette Couronne sera héréditaire, par ordre de primogéniture, chez ses descendants mâles, légitimes, et naturels, etc. »
Italie napoléonienne en 1810, Naples étant la même étendue sous Joseph (1806 – 1808)
Julie Clary, reine de Naples, avec sa fille Zénaide Bonaparte en 1807, par Robert Lefèvre
L’arrivée de Joseph à Naples a été chaleureusement accueillie par des acclamations et il était impatient d’être un monarque bien aimé de ses sujets. Cherchant à gagner la faveur des élites locales, il maintient à leurs postes la grande majorité de ceux qui ont occupé des fonctions et des postes sous les Bourbons et tient à ne pas apparaître en aucune façon comme un oppresseur étranger. Un gouvernement provisoire étant installé dans la capitale, Joseph partit aussitôt, accompagné du général Lamarque, pour une visite de son nouveau royaume. L’objectif principal de la visite était d’évaluer la faisabilité d’une invasion immédiate de la Sicile et de l’expulsion de Ferdinand et de Marie-Caroline de leur refuge à Palerme. Mais, après avoir examiné la situation dans le détroit de Messine, Joseph fut contraint d’admettre l’impossibilité d’une telle entreprise, les Bourbons ayant emporté tous les bateaux et transports de la côte et concentré leurs forces restantes, aux côtés des Britanniques, du côté opposé. Incapable de posséder lui-même la Sicile, Joseph était néanmoins maître du continent et il continua sa progression à travers la Calabre et en Lucanie et dans les Pouilles, visitant les principaux villages et rencontrant les notables locaux, le clergé et le peuple, permettant à son peuple de s’habituer à son nouveau roi et de se faire une idée de première main de l’état de son royaume.
De retour à Naples, Bonaparte reçoit une députation du Sénat français pour le féliciter de son accession. Le roi a formé un ministère composé de nombreux hommes compétents et talentueux; il était déterminé à suivre un programme de réformes et à apporter à Naples les bénéfices de la Révolution française, sans ses excès. Saliceti est nommé Ministre de la Police, Ministre des Finances de Roederer, Ministre de l’Intérieur de Miot et Ministre de la Guerre du Général Dumas. Le maréchal Jourdan a également été confirmé comme gouverneur de Naples, une nomination faite par Napoléon, et a été le principal conseiller militaire de Bonaparte.
Bonaparte se lance dans un ambitieux programme de réforme et de régénération, afin d’élever Naples au niveau d’un État moderne dans le moule de la France napoléonienne. Les ordres monastiques sont supprimés, leurs biens nationalisés et leurs fonds confisqués pour stabiliser les finances royales. Les privilèges féodaux et les impôts sont abolis ; cependant, la noblesse est compensée par une indemnité sous la forme d’un certificat qui peut être échangé en échange de terres nationalisées de l’Église. Les intendants provinciaux ont été chargés d’engager les anciens moines dépossédés qui étaient prêts à travailler dans l’enseignement public et de veiller à ce que les moines âgés qui ne pouvaient plus subvenir à leurs besoins puissent s’installer dans des établissements communaux fondés pour leurs soins. Un collège pour l’éducation des jeunes filles a été créé dans chaque province. Un collège central fut fondé à Aversa pour que les filles des fonctionnaires publics, et les plus aptes des écoles provinciales, soient admises sous le patronage personnel de la reine Julie.
La pratique du recrutement forcé de prisonniers dans l’armée a été abolie. Pour réprimer et contrôler les brigands dans les montagnes, des commissions militaires ont été créées avec le pouvoir de juger et d’exécuter, sans appel, tous les brigands arrêtés avec des armes en leur possession. Des programmes de travaux publics ont été lancés pour fournir des emplois aux pauvres et investir dans l’amélioration du royaume. Des autoroutes ont été construites jusqu’à Reggio. Le projet d’une route calabraise a été achevé sous Bonaparte dans l’année après des décennies de retard. Dans la deuxième année de son règne, Bonaparte installe à Naples le premier système d’éclairage public des rues, sur le modèle de celui de Paris.
Bien que le royaume ne soit pas doté à l’époque d’une constitution, et que la volonté de Joseph en tant que monarque règne donc en maître, il n’y a encore aucun cas où il adopte une mesure de politique sans discussion préalable de la question au Conseil d’État et vote à la majorité en faveur de sa ligne de conduite par les conseillers. Joseph a donc présidé Naples dans les meilleures traditions de l’absolutisme éclairé, doublant les revenus de la couronne de sept à quatorze millions de ducats au cours de son bref règne de deux ans tout en cherchant tout le temps à alléger les charges de son peuple plutôt qu’à les augmenter.
Joseph gouverna Naples pendant deux ans avant d’être remplacé par le mari de sa sœur, Joachim Murat. Joseph est ensuite fait roi d’Espagne en août 1808, peu après l’invasion française.