egy évtizeddel később, a polgárháború kezdetén Jacksont a Virginiai erők ezredeseként bízták meg, és Harpers Ferry-be küldték. Később csatlakozott más Konföderációs erőkhöz.
az első Bull Run-i csatában kapta Jackson a “Stonewall” becenevet.”Ő és csapatai úgy álltak szemben az ellenséges támadással, mint egy kőfal” – mondta Barnard Bee konföderációs tábornok, aki Jackson ezredes példaértékű magatartását használta fel erőinek bátorítására.
1861 novemberében Jacksont vezérőrnaggyá léptették elő, és az egész Shenandoah-völgy felett parancsnokságot kapott. Egy sor csaták, ismert, mint a völgy kampány, Jackson sikeresen legyőzte az uniós erők, a törekvés csúcspontja a csaták Cross Keys és Port Köztársaság június 8-án és 9-én, 1862.
Jackson ezután csatlakozott Robert E. Lee tábornokhoz a hétnapos csatában. Bár kezdeti teljesítménye nem volt lenyűgöző, Jackson 1862 augusztusában képes volt legyőzni az uniós erőket a Cedar Mountain csata, amely megalapozta a győzelem színterét a második Bull Run csata.
Jackson sikeres volt a későbbi Antietam-kampányban is, ahol altábornaggyá léptették elő.
1862 decemberében Jackson csapatokat vezényelt a Fredericksburgi csata. Az ezt követő Chancellorsville-i csatában Lee és Jackson megismételte a második Bull Run taktikáját; ez magában foglalta a csapatok gyors fordulási mozgását, amely biztosította győzelmüket Hooker tábornok uniós erői ellen május 2-án, 1863-ban.
a komplex manővernek azonban végzetes következményei voltak. Amint a friss uniós csapatok előrenyomultak Jackson embereire, sürgette erőit, hogy folytassák a menetelést. Hogy elkerülje a nyílt tüzet, Jackson átvágott az erdőn, és saját csapatai frontvonalában kötött ki. Az ellenségnek tévesztve a Konföderációs katonák lelőtték Jacksont. A sérült karját amputálták, és hamarosan tüdőgyulladást kapott. Jackson meghalt május 10, 1863, a kórházban 30 mérföldre a helyszínen a csata.