az első és a Második Köztársaság
viszály és erőszak jellemezte Burundit a függetlenség óta. Bár a vérontás nem olyan mértékű, mint Ruandában, az etnikai konfliktus több százezer ember halálát okozta, és több százezer embert kényszerítettek otthonaik elhagyására. Az első eset csak 1965 januárjában történt, amikor Pierre Ngendandumwe, a Hutu, másodszor lépett miniszterelnöki hivatalba, az alkotmányos uralkodó, Mwami Mwambutsa kérésére. Ngendandumwe-t január 15-én meggyilkolta egy Tutsi fegyveres, mielőtt esélye lett volna kormányt alapítani. Joseph Bamina, egy másik Hutu, majd miniszterelnökként szolgált, amíg még abban az évben választásokat nem lehetett tartani. Bár a választások egyértelmű többséget adtak a Hutuknak a nemzetgyűlésben, Mwambutsa figyelmen kívül hagyta az eredményeket, és kinevezte a Tutsi—l blokklánc Bihát, magántitkárát—miniszterelnökét. Mwambutsa ragaszkodott ahhoz, hogy a hatalom továbbra is a koronán nyugodjon, még akkor is, amikor októberben egy hutu tisztek csoportja által vezetett sikertelen puccs után úgy döntött, hogy elhagyja az országot; elrendelte, hogy fia, Charles Ndizeyeto herceg távollétében uralkodjon.
Burundi ellenőrzése a következő év vége előtt teljesen a Tutsi kezébe került. Az abortív puccs után mintegy 34 Hutu tisztet végeztek ki, és a tuszi ellenőrzés tovább erősödött, amikor Michel Micomberót 1966 júliusában kinevezték miniszterelnöknek. A Bururi tartományból származó Tutsi-Bahima, Micombero kulcsszerepet játszott az 1965-ös puccs meghiúsításában és a vidéki Hutu-ellenes zavargások megszervezésében. Szintén 1966 júliusában mwambutsát fia leváltotta, aki rendkívül rövid uralkodásnak indult, mivel őt magát a Tutsi politikusok novemberben leváltották. A monarchia hivatalos megdöntésével és az első köztársaság hivatalos kikiáltásával (Micombero elnökével) a tuszi uralom útjának utolsó akadálya megszűnt.
nincs más esemény, amely nagyobb hiteltelenséget okozott volna az első Köztársaságnak, mint az 1972 áprilisában és májusában a Hutu közösség ellen elkövetett népirtás. Bár a hutuk kezdetben mintegy 2000 Tuszit öltek meg, végül becslések szerint 100 000-200 000 Hutut öltek meg, valamint további 10 000 Tuszit. A vérengzés a lakosság mintegy 5% – ának életét követelte, és gyakorlatilag megszüntette az összes képzett Hutut, valamint több mint 100 000 Hutu elmenekülését az országból. Amellett, hogy az etnikai megosztottság mindkét oldalán mély és tartós gyűlöletet váltott ki, az 1972-es események jelentős feszültség forrásává váltak a tuszi kisebbségben, így megnyitva az utat Micombero 1976-os megdöntése és a Második Köztársaság Jean-Baptiste Bagaza elnöksége alatt. Bár ő maga Tutsi-Bahima Bururiból (mint Micombero), Bagaza soha nem látott mértékben lendítette fel az UPRONA-t. Ugyanakkor minden erőfeszítést megtettek annak érdekében, hogy a Római Katolikus Egyház szilárdan az állam ellenőrzése alá kerüljön, mivel a Tutsi által ellenőrzött kormány úgy gondolta, hogy az egyház politikája a hutukat részesíti előnyben. A kormány erőfeszítéseinek eredményeként az egyház tevékenységét elnyomták.