Missouri Western State University-ben alakult 1915-ben, mint egy kétéves nevű intézmény St. Joseph Junior College és tartott kurzusokat az eredeti helyét Central High School 13. és Patee. 1933-ban, amikor a Central High School költözött a jelenlegi helyére a junior college költözött a Robidoux Polytechnic High School épület 10. utca között Edmond és Charles. 1917 – ben elfogadta a Griffon mint kabalája.
a négyéves iskola létrehozása központi kampánykérdés volt az 1964-es demokratikus kormányzói előválasztáson, amikor Warren Hearnes a Bootheel kihívta Hilary A. Bush nak, – nek Kansas City. Hearnes megígérte, hogy egy másik állami egyetem (Northwest Missouri State University) jelenléte ellenére négyéves intézménnyé alakítja az iskolát 40 mérföldre (64 km) északra Maryville-ben.
Hearnes szűken megnyerte az előválasztást, majd megnyerte az általános választásokat. Egy évvel később, a főiskola Missouri Western Junior College lett, áthelyezték a St. Joseph iskolai körzet a Missouri nyugati Junior főiskolai körzet, amely öt megyében 11 iskolai körzetből áll. A főiskola négyéves státuszt kapott Missouri Western College 1969-ben Hearnes második ciklusa alatt. A Missouri Western Junior College district finanszírozta az első két évet, az állam finanszírozta az utolsó két évet.
évekkel később a Missouri Western hearnes után nevezte el könyvtárát; az iskola tisztviselői szerint Missouri Western soha nem lett volna négyéves Főiskola nélküle.
röviddel az átalakítás után az iskola megszerezte a St. Joseph State Hospital # 2, a keleti oldalon államközi 29, annak campus keleti szélén Szent József. Az eredeti terv szerint a kórházzal szemben, a LeBlond püspök középiskolától nyugatra, a St. Joseph belvárosához közelebb kellett építeni.
az iskola 1973-ban Missouri Western State College lett, 1977-ben pedig az állam teljes mértékben támogatta. 2005-ben egyetemi státuszt kapott, és 2007-ben kezdte meg a posztgraduális fokozatot.
1988-ban Shalia Aery, a felsőoktatási biztos kormányzója alatt John Ashcroft ajánlott Northwest kell zárni, és hagyja Missouri Western, mint a túlélő iskola. Ezt a tervet végül elvetették.
jogszabályok 2005-ben megváltoztatta az intézmény nevét Missouri Western State University. Ez a jogszabály Missouri Western-t Missouri alkalmazott tanulási intézményének jelölte ki, és lehetővé tette, hogy mesterképzést nyújtson. Az egyetem kapucnis az első 12 mester fokozatot címzettek május 2009. Az első hat évben kínál posztgraduális fok, graduate beiratkozás Western nőtt 100% – kal vagy több minden évben. 2016-tól a Western 18 mesterképzést és hat diplomás bizonyítványt kínál.
2010-ben a Stephen L. Craig School of Business akkreditálta az AACSB International.
2020 áprilisától az iskola fokozatosan megszünteti vagy radikálisan felülvizsgálja közel 100 diplomáját. Ezek a változások a “csökkenő hallgatói beiratkozási tendenciákra, a feszült állami finanszírozási forrásokra, a növekvő költségekre, a halasztott karbantartási igényekre, a hosszú lejáratú adósságra, a covid-19 gazdasági hatására”adott válaszok.
az egyetem leglátványosabb vállalati kapcsolata a Hillyard, Inc., egy tisztítószer-társaság. Az iskola Spratt Emlékstadionja Elliot “Bub” Spratt, a vállalat ügyvezetője. Leah Spratt Hall nevét Elliot nővéréről kapta. Az egyetem ad otthont a Hillyard Tip Off Basketball Classic tornának.