Michael Scofield (Wentworth Miller) követte Gretchen Morgant (Jodi Lyn O ‘ Keefe) és James Whistlert (Chris Vance) Los Angelesbe. A pár tárgyalásokat folytat a “Scylla” – ról, egy fontos vállalati adatokat tartalmazó kártyáról/lemezről, Whistler pedig megöli jelenlegi tulajdonosát, ahelyett, hogy fizetne érte. Mielőtt Gretchennel befejezhetnék a műveletet, Michael megérkezik, és azt tervezi, hogy megöli őket, hogy bosszút álljon Sara Tancredi (Sarah Wayne Callies) haláláért. Gretchen azt állítja, hogy Sara életben van, de mielőtt bármi mást mondhatna, a rendőrség megérkezik Whistler által elkövetett gyilkosságra. Gretchen tudta nélkül Whistler lemásolta a kártyát, az eredetit megtartotta magának, a példányt pedig kifelé menet átadta a cég képviselőjének. Amikor a tábornok (Leon Russom) felfedezi ezt, megparancsolja Wyattnek (Cress Williams), a Társaság bérgyilkosának, hogy ölje meg Gretchent.
Lincoln Burrows (Dominic Purcell) még mindig Panamában van Sofia Lugóval (Danay Garcia) és L. J. Burrows-szal (Marshall Allman), amikor Michael felhívja. Megbeszélik a Sona-ban történt eseményeket: a foglyok fellázadtak, felgyújtották a helyet, és lehetővé tették Theodore “T-Bag” Bagwell (Robert Knepper), Fernando Sucre (Amaury Nolasco) és Brad Bellick (Wade Williams) szökését. Michael azt is megkérdezi, hogy Lincoln mennyire biztos abban, hogy Sara meghalt. A beszélgetés után Michael felveszi a kapcsolatot Alexander Mahone-nal (William Fichtner) és Whistlerrel, akik titokban együtt dolgoznak a belbiztonsággal, hogy elpusztítsák a céget. A terv kulcsa a “Scylla” kódnevű kártya, amely információkat tartalmaz a vállalat összes ügynökéről és működéséről, de csak ismeretlen létesítményből dekódolható. Whistler ismét arra utal, hogy Sara még életben van, amikor Wyatt megérkezik és megtámadja őket, megölve Whistlert és megszerezve a Scylla eredeti példányát. Hogy megtudja az igazságot, Michael Chicagóba utazik, és felveszi a kapcsolatot Sara barátjával, Bruce Bennettel (Wilbur Fitzgerald), hogy biztosan megtudja, Sara életben van-e még, de a rendőrség elkapja. Eközben Lincolnt, Sofiát és L. J.-t megtámadja a cég egyik ügynöke. Lincoln megöli a merénylőt egy harcban, és a panamai rendőrség letartóztatja. Mahone csak azért tér vissza családja otthonába, hogy felfedezze, hogy Pam otthona előtt rendőrségi kerítés van. Attól tartva, hogy valami történhetett Pammel és Cameronnal, gyorsan kiszáll az autóból, és a ház felé rohan, de a rendőr megállítja és azt mondja neki, hogy “nem akarsz bemenni”. Mivel továbbra is körözik az Egyesült Államokban, Mahone-t is azonnal letartóztatják.
Michaelt és Lincolnt újra őrizetbe veszi Don Self ügynök (Michael Rapaport). Self a Belbiztonsági ügynök, aki nemcsak Whistlerrel, hanem Aldo Burrows-szal (Anthony Denison) is dolgozott a cég felszámolása érdekében. Mivel nem bízik az emberekben a kormányon belül, Self megszervezi, hogy Michael és Lincoln részt vegyenek egy nem hivatalos, nem hivatalos műveletben, hogy visszaszerezzék a Scyllát a cégtől, és garantálják a szabadságukat, amikor az egész véget ér. A testvérek visszautasítják az ajánlatot. Bruce kifizeti az óvadékot, és amikor elengedik őket, újra összehozza Michaelt Sarával, aki Chicagóban bujkált a cég elől, miután Gretchen megkínozta. Amikor Wyatt megtámadja a csoportot állítólag titkos rejtekhelyükön, Michael, Lincoln és Sara úgy döntenek, hogy csatlakoznak Self csapatához, abban a hitben, hogy csak akkor lehetnek biztonságban, ha a vállalat megsemmisül. A csapat tagja Mahone, Bellick és Sucre is, akiket elfogtak, miközben megpróbálták meglátogatni Sucre kislányát.
egy részterületen T-Bag Panamából az Egyesült Államokba tart, Michaelt keresi, hogy bosszút álljon. Megpróbál San Diegóba jutni, Whistler madárkönyvében írt utasítást követve (amely tudta nélkül információkat tartalmaz arról, hogy hol kell dekódolni a Scyllát), de sofőrjei ellopják T-Bag pénzét, és túlsúlyos társukkal együtt elhagyják a sivatagban.