Identificazione-by-DNA ha avuto usi eclettici: outing sushi falso, rilevare carne di cavallo in polpette Ikea, e catturare un assassino grazie ad un pelo rivelatore da Palla di neve il gatto, per esempio. Nick Conley ha deciso di assumere Chobani yogurt, un delizioso prodotto accusato poche settimane fa di ospitare un contaminante. Amo Chobani yogurt e la loro sede aziendale è in una piccola città a circa un’ora da me nello stato di New York.
Nick mi ha inviato il suo post sul blog dalla sua azienda, Epibiome, e ha gentilmente offerto di condividerlo. Ha raggiunto a Epibiome dal fisico Aaron Tynes Hammack e dal chimico fisico Hsiao-lu Lee. Il dottorato di ricerca di Nick è in chimica e ha fatto un post-doc in biologia dello sviluppo, sia a Stanford, generando un record di pubblicazione impressionante e una società di cosmetici. Ma la cosa più importante per me è che ha basset hounds, il mio cane preferito.
Molte grazie Nick!
9 settembre Avevamo appena estratto il DNA batterico da una serie di campioni di microbiomi facciali quando ho deciso di premiarmi con una tazza di yogurt greco Chobani aromatizzato al lime. Stranamente, il foglio sulla tazza era sporgente, lo yogurt era sottile ed era estremamente gassato. Si noti il confronto con una tazza aromatizzata alla fragola “normale” nella foto.
Una rapida ricerca su Google mi ha portato alla pagina Facebook di Chobani, che ha mostrato che molte persone stavano segnalando lo stesso problema. Dal momento che molti batteri sono in grado di fermentazione dell’acido lattico, abbiamo deciso di estrarre il DNA batterico da questa tazza di lime funky e una tazza di fragola “normale” e fare sequenziamento 16S rDNA per identificare i batteri presenti.
Dal momento in cui abbiamo iniziato il nostro studio, Chobani ha annunciato un richiamo volontario e da allora ha riferito che ritiene che la contaminazione provenga da una muffa (Mucor circinelloides).
La nostra tecnica ci darà solo informazioni sui batteri presenti, non sulle muffe, che sono un tipo di fungo. Tuttavia, siamo molto entusiasti di vedere se ci sono batteri inaspettati nella cultura e di capire come la contaminazione della muffa cambia la composizione dei batteri originali nella cultura dello yogurt. Riporteremo i nostri risultati entro pochi giorni.
E sì, ho mangiato lo yogurt al lime e stavo bene. La carbonatazione è stata eccitante, generando un kefir-like (mojito-like?) yogurt. Mentre i puristi di yogurt greco potrebbero prendere problema (sarebbero davvero mangiare yogurt al gusto di lime in ogni caso?), penso che Chobani dovrebbe cercare di ottenere la carbonatazione con un batterio fermentante l’acido lattico e lanciarlo come nuovo prodotto.
Settembre 10 Siamo felici di annunciare i risultati di sequenziamento batterico 16S rDNA dai nostri due campioni di yogurt greco Chobani: una tazza al gusto di fragola di aspetto normale e una tazza di lime richiamata.
Abbiamo determinato in modo inequivocabile che la tazza di lime utilizzata nel nostro studio è stata coinvolta nel richiamo perché il numero IMS corrisponde esattamente a quello pubblicato sul sito di richiamo della FDA (e lo yogurt ha mostrato tutte le caratteristiche). Nessun tale numero IMS potrebbe essere posizionato sulla tazza di fragole, il cui contenuto è apparso normale, quindi l’abbiamo usato per confrontarlo con lo yogurt al lime richiamato.
Non contestiamo nulla che Chobani abbia riferito sulla causa del richiamo, incluso il contaminante della muffa e la sua natura non pericolosa. Sebbene la FDA stia indagando sui reclami di malattia relativi allo yogurt richiamato, non è stata presa alcuna determinazione se esista o meno un tale collegamento. È importante sottolineare che i dati che presentiamo di seguito non mostrano in alcun modo che lo yogurt Chobani richiamato fosse in grado di causare malattie o causare malattie di qualsiasi tipo.
Il nostro studio è stato condotto esclusivamente per soddisfare la curiosità e il nostro esperimento ha diverse carenze, tra cui: (a) una piccola grandezza dei campioni (n = 2), (b) il confronto tra 0% di grassi alla fragola e il 2% di grassi calce sapori, (c) disomogeneità nella tazza di yogurt, che potrebbe portare ad un campione rappresentativo di essere raccolti, (d) PCR bias PCR bias, (e) la possibilità di un errore di identificazione di organismi di condivisione di un comune della sequenza 16S rDNA, (f) errori di sequenziamento con conseguente caricatura della tassonomia batterica, (g) non corretto allineamento delle banche dati, e (h) possibilità di contaminazioni da DNA. Ci possono essere altre carenze di cui non siamo a conoscenza.
Di seguito sono riportati i grafici a torta che mostrano l’ordine tassonomico associato alle letture rDNA 16S più abbondanti dalla tazza di fragole che appare normale e dalla tazza di lime richiamata.
Chobani indica che hanno tre colture probiotiche nel loro yogurt: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei e Bifidus. I primi due appartengono agli ordini tassonomici Lactobacillales e il secondo appartiene ai Bifidobacteriales, che è coerente con ciò che abbiamo trovato sequenziando il DNA batterico nella normale tazza di fragole.
Tuttavia, lo yogurt al lime richiamato mostra una distribuzione notevolmente diversa. Su un totale di 1.950.616 letture per questo campione, 190.331 (9,8%) appartenevano all’ordine Oceanospirillales. Fortunatamente, i dati di sequenza contengono più informazioni dell’ordine; danno anche informazioni sulla famiglia tassonomica del batterio (Oceanrickettsiaceae) e sul genere (Oceanrickettsia). Questo è dove le cose diventano estremamente oscure, tuttavia, perché a parte un paio di voci di sequenza in Genbank in Genbank su un organismo che condivide lo stesso genere (Oceanrickettsia ariakensis), non sappiamo quasi nulla di questi batteri. Così poco, infatti, che la famiglia tassonomica e il genere non sono stati formalmente accettati e l’organismo è stato relegato in una lista di “Gammaproteobacteria non classificati.”
Da quel poco che possiamo ricavare, due scienziati cinesi affiliati al South China Sea Institute of Oceanology, Drs. Xiangyun Wu e Yang Zhang, hanno depositato i dati di sequenza per Oceanrickettsia ariakensis nel database nel 2005 e hanno indicato che hanno isolato i batteri da un’ostrica (Crassostrea ariakensis). Credevano che i batteri infettassero l’ostrica e contribuissero alla sua massiccia estinzione.
È molto importante notare che non ci sono prove che questo batterio sia patogeno negli esseri umani. Inoltre, il lavoro di Wu e Zhang non sembra essere stato verificato in modo indipendente o sottoposto a revisione tra pari (al meglio delle nostre conoscenze).
Questo significa che il richiamo dello yogurt Chobani aveva qualcosa a che fare con la contaminazione da ostriche? Assolutamente no! È possibile che i batteri il cui DNA abbiamo rilevato possano essere già presenti in piccole quantità in uno degli ingredienti dello yogurt, e quando la muffa ha assunto la coltura dello yogurt, ha creato le condizioni che gli hanno permesso di prosperare. A sostegno di questa teoria, abbiamo osservato 198 letture su 1.713.939 totali che corrispondevano all’ordine Oceanospirillales (0,012%) nello yogurt alla fragola. O forse i nostri risultati forniscono alcune informazioni sulla fonte di contaminazione. E ‘ troppo presto per dirlo.
Ma quello che possiamo dire è che abbiamo molto di più da imparare sui batteri. Possiamo solo coltivare (e quindi studiare a fondo) circa l ‘ 1% delle specie batteriche sul pianeta. Con l’ultima generazione di tecnologie di sequenziamento, possiamo sequenziare tutto. Mi chiedo cos’altro c’è là fuori? Anche noi.
Non ho smesso di mangiare Chobani yogurt e sono ancora un grande fan! Molti marchi di fiducia hanno affrontato un richiamo ad un certo punto durante la loro storia. La contaminazione microbica è una preoccupazione costante tra i produttori alimentari e non è rara. La stragrande maggioranza del tempo, i passeggeri in più che chiamiamo batteri semplicemente andare avanti per la corsa, completamente inosservato.