Un decennio dopo, all’inizio della guerra civile, Jackson fu incaricato di servire come colonnello per le forze della Virginia e fu inviato a Harpers Ferry. Più tardi, si unì ad altre forze confederate.
Fu alla prima battaglia di Bull Run che Jackson si guadagnò il soprannome di ” Stonewall.”Lui e le sue truppe resistettero all’assalto nemico “come un muro di pietra”, secondo il generale confederato Barnard Bee, che usò la condotta esemplare del colonnello Jackson per incoraggiare le sue forze.
Nel novembre del 1861, Jackson fu promosso maggiore generale e gli fu dato il comando dell’intera valle dello Shenandoah. In una serie di battaglie, nota come Campagna della Valle, Jackson sconfisse con successo le forze dell’Unione, l’impresa culminò nelle battaglie di Cross Keys e Port Republic l ‘ 8 e il 9 giugno 1862.
Jackson si unì quindi al generale Robert E. Lee in quella che divenne nota come la battaglia dei Sette Giorni. Anche se la sua performance iniziale non fu impressionante, Jackson fu in grado di sconfiggere le forze dell’Unione nell’agosto 1862 nella battaglia di Cedar Mountain, che pose le basi per la vittoria nella seconda battaglia di Bull Run.
Jackson ebbe successo anche nella successiva campagna Antietam, dove fu promosso tenente generale.
Nel dicembre 1862, Jackson comandò le truppe nella battaglia di Fredericksburg. Nella successiva battaglia di Chancellorsville, Lee e Jackson hanno ripetuto la tattica della seconda corsa dei tori; ciò comportò un rapido movimento di svolta da parte delle truppe che assicurarono la loro vittoria contro le forze dell’Unione del generale Hooker il 2 maggio 1863.
Tuttavia, la complessa manovra ebbe conseguenze fatali. Mentre nuove truppe dell’Unione avanzavano sugli uomini di Jackson, esortò le sue forze a continuare a marciare. Per evitare il fuoco aperto, Jackson tagliò la foresta e finì in prima linea delle sue stesse truppe. Scambiandolo per il nemico, i soldati confederati spararono a Jackson. Il suo braccio ferito fu amputato e presto sviluppò una polmonite. Jackson morì il 10 maggio 1863, in un ospedale a 30 miglia dal luogo della battaglia.