et tiår senere, i begynnelsen av Borgerkrigen, Fikk Jackson i oppdrag å tjene som oberst for Virginia-styrkene Og ble sendt til Harpers Ferry. Senere sluttet han seg til Andre Konfødererte styrker.
Det var i det første slaget Ved Bull Run At Jackson fikk sitt kallenavn » Stonewall.»Han og hans tropper sto opp mot fiendens angrep «som en steinmur», ifølge Confederate General Barnard Bee, som brukte Oberst Jacksons eksemplariske oppførsel for å oppmuntre sine styrker.
I November 1861 ble Jackson forfremmet til generalmajor og gitt kommandoen over Hele Shenandoah Valley. I en rekke slag, Kjent som Valley-Felttoget, beseiret Jackson Unionsstyrkene, forsøket kulminerte i slagene Ved Cross Keys og Port Republic den 8. og 9. juni 1862.
Jackson sluttet Seg deretter Til General Robert E. Lee i Det Som ble kjent som Syvdagersslaget. Selv om Hans første opptreden ikke var imponerende, Klarte Jackson å beseire Unionsstyrkene i August 1862 i Slaget Ved Cedar Mountain, som satte scenen for seieren i Det andre slaget Ved Bull Run.
Jackson lyktes også i Det påfølgende Antietam-felttoget hvor Han ble forfremmet til generalløytnant.
I desember 1862 kommanderte Jackson tropper i slaget Ved Fredericksburg. I det påfølgende slaget ved Chancellorsville gjentok Lee Og Jackson taktikken til andre Bull Run.; det involverte en rask bevegelse av troppene som sikret deres seier mot General Hookers Unionsstyrker den 2. Mai 1863.
den komplekse manøveren hadde imidlertid fatale konsekvenser. Mens nye Unionsstyrker rykket frem mot Jacksons menn, oppfordret han sine styrker til å fortsette å marsjere. For å unngå åpen ild skar Jackson gjennom skogen og endte opp ved frontlinjen til sine egne tropper. Mista ham for fienden, De Konfødererte soldatene skutt Jackson. Hans sårede arm ble amputert, og han utviklet snart lungebetennelse. Jackson døde 10. Mai 1863, på et sykehus 30 miles fra kampstedet.