Med Kaptein Douglas N. Syverson i kommando, seilte Hunley 25. juli 1962 for shakedown-trening utenfor Cuba til 6. September 1962. Hun besøkte Flere Havner I Gulf og Atlantic og returnerte Til Norfolk 28. September for endringer etter shakedown frem til 8. desember 1962. Etter Som Hunley betalt en 3-dagers besøk Til New York City for å være vert For Naval Reserve Officers Seminar «Nye Skip For Den Moderne Marinen». Hun forlot Norfolk Operational Base 29 desember 1962 For Holy Loch, Skottland, ankommer 9 januar 1963. Nesten umiddelbart begynte hun å ta lasten AV Uss Proteus, som hun offisielt lettet 15. Mars 1963 som anbud Til Ubåtskvadron 14 Ved Holy Loch. Denne plikten fortsatte til 12. April 1964 da Hunley seilte for konvertering som ga mulighet til å håndtere den nye A3 Polaris-Missilen. Hun gjenopptok sine plikter ved Holy Loch den 15. juni 1964.
En Polaris-milepæl ble nådd i desember 1965 da Uss Thomas A. Edison kom sammen for å starte Den 100.ombyggingen av en kjernefysisk ballistisk ubåt (Ssbn) av Hunley. Dette betydde at hundre SSBN ubåter hadde gått ut i tide fra Hunley og ikke en av dem måtte gjøre en tidlig retur fra patrulje. Dette representerte noen 200 måneder Med Polaris på stasjon eller 16½ år med nedsenket strategisk avskrekkende Siden Hunleys ankomst I Holy Loch 9 januar 1963. Hunleys motto var «Vi Tjener Til Å Bevare Fred». Hunley returnerte til Usa sent i 1966 og i 1967 opererte hun Ut Av Charleston, South Carolina. Hunley satte ut For Guam dagen Etter Jul, 1967, for å avlaste Proteus På Polaris Point fra januar til juni 1968 mens Proteus gjennomgikk en selvoverhaling, Med Hunley tilbake til Charleston i juli 1968. I 1971 lettet Hunley Proteus i Guam igjen for At Proteus skulle gå til verftet. Det var mens Hunley var I Guam At Maskinreparasjonsdivisjonen mottok Den Fortjenstfulle Enhetskommendasjonen, etter å ha brukt 4500 timer med reparasjonsarbeid på ulike enheter I USA Stillehavsflåten. I 1973 Hunley tilbake Til Bremerton Shipyard for konvertering overhaling. Etter ferdigstillelse returnerte Hunley til Charleston, Sør-Carolina, for igjen å betjene Atlanterhavsflåten. I 1978 dro» Hunley «til Boston Naval Shipyard for skrogrensing og skrogventilreparasjoner som forberedelse for å lindre» Proteus » igjen I Guam. I transitt Til Guam gikk «Hunley» Rundt Sør-Amerika i stedet for Gjennom Panamakanalen. I 1980 ble «Hunley» avløst av «Proteus» og returnerte til Charleston via Panamakanalen.
Hunley ble tatt ut av tjeneste 30. September 1994 og tatt ut av Naval Vessel Register 3.Mai 1995 og overlevert Til Maritime Commission 1. Mai 1999. Hunley ble senere solgt Til Southern Scrap Materials Company den 5. januar 2007 for opphugging.