zowel mitochondriaal DNA (mtDNA) als het Y-chromosoom zijn uitgebreid gebruikt door moleculaire paleoantropologen in pogingen om menselijke afstamming te reconstrueren. Beide worden op een haploïde manier geërfd: mtDNA door het vrouwtje en Y door het mannetje. Voor mtDNA, wordt de maternale overerving verzekerd door een species-specifiek mechanisme van proteolyse van het sperma middenstuk in vroege embryogenese, op ubiquitination van mitochondria tijdens spermiogenesis wordt gebaseerd. Beide genomen worden verondersteld om nieuwe combinatie te missen en zijn zo vatbaar voor hoge tarieven van neutrale verandering. Voor het menselijke Y-chromosoom, is het nu duidelijk dat er selectie op genen is geweest die spermatogenese controleren, resulterend in differentieel reproductief succes op lange termijn. Dit wordt bevestigd door studies van genealogieën en de jacht-verzamelende samenlevingen, hoewel deze de strengheid missen die door de moderne moleculaire tellers van overerving wordt verstrekt. De selectie wordt ingewikkelder gemaakt door een concentratie van genen die secundaire geslachtskenmerken op het chromosoom van X controleren. Ook beïnvloedt mtDNA de bio-energetica van gametogenese en embryoontwikkeling, evenals levensduur, ziekte en het verouderingsproces. Zowel Y chromosoom en mitochondrial haplotypes tonen significante associaties met patronen van mannelijke onvruchtbaarheid die hun gebruik voor fylogenetische reconstructie konden verstoren. Bovendien wordt de moleculaire analyse van mtDNA gecompliceerd door de aanwezigheid van talrijke nucleaire mitochondriale pseudogenes (Numts) die foutief door moleculaire technieken zoals PCR kunnen worden versterkt. Dit overzicht onderzoekt enkele van deze complexe interacties en stelt voor dat sommige van de meer omstreden kwesties in het begrijpen van menselijke evolutie kunnen worden opgelost door de biologie van deze genetische tellers te overwegen.