dziesięć lat później, na początku wojny secesyjnej, Jackson został przydzielony do służby jako pułkownik dla Sił Virginii i został wysłany do Harpers Ferry . Później dołączył do innych sił konfederackich.
To właśnie podczas pierwszej bitwy pod Bull Run Jackson zyskał przydomek ” Stonewall.”On i jego oddziały stawili czoła atakowi wroga jak kamienny mur,” według konfederackiego generała Barnarda Bee ’ a, który wykorzystał wzorowe zachowanie pułkownika Jacksona, aby zachęcić swoje siły.
w listopadzie 1861 roku Jackson został awansowany na generała majora i objął dowództwo nad całą Doliną Shenandoah. W serii bitew, znanych jako The Valley Campaign, Jackson skutecznie pokonał siły Unii, co zakończyło się bitwami pod Cross Keys i Port Republic 8 i 9 czerwca 1862 roku.
Jackson dołączył do generała Roberta E. Lee w tak zwanej bitwie siedmiu dni. Chociaż jego początkowe występy nie były imponujące, Jackson był w stanie pokonać siły Unii w sierpniu 1862 roku w bitwie pod Cedar Mountain, co dało początek zwycięstwu w drugiej bitwie pod Bull Run.
Jackson odniósł również sukces w kolejnej kampanii Antietam, gdzie został awansowany do stopnia generała porucznika.
w grudniu 1862 r.Jackson dowodził oddziałami w bitwie pod Fredericksburgiem. W kolejnej bitwie pod Chancellorsville Lee i Jackson powtórzyli taktykę second Bull Run; wiązało się to z szybkim ruchem wojsk, który zapewnił im zwycięstwo nad siłami Unii generała Hookera 2 maja 1863 roku.
jednak skomplikowany manewr miał fatalne konsekwencje. Gdy nowe oddziały Unii natarły na ludzi Jacksona, nakłonił swoje siły do dalszego marszu. Aby uniknąć otwartego ognia, Jackson przeciął się przez las i znalazł się na linii frontu swoich wojsk. Myląc go z wrogiem, Konfederaci zastrzelili Jacksona. Jego ranna ręka została amputowana i wkrótce rozwinęło się zapalenie płuc. Jackson zmarł 10 maja 1863 roku w szpitalu 30 mil od miejsca bitwy.