Podmínky na palubě lodi během Blízkého Průchodu byly otřesné. Muži byli zabaleni do podpalubí a byli zajištěni nohavicemi. Prostor byl tak stísněný, že byli nuceni se krčit nebo si lehnout. Ženy a děti byly drženy v oddělených čtvrtích, někdy na palubě, což jim omezena svoboda pohybu, ale zároveň je vystaven násilí a sexuálního zneužívání z posádky.
vzduch v podpalubí byl špinavý a hnilobný. Mořská nemoc byla běžná a teplo bylo utlačující. Nedostatek hygieny a dusivé podmínky znamenaly neustálou hrozbu onemocnění. Časté byly epidemie horečky ,úplavice („tok“) a neštovic. Zajatci vydrželi tyto podmínky asi dva měsíce, někdy i déle.
za dobrého počasí byli zajatci přivezeni na palubu v dopoledních hodinách a nuceni cvičit. Byli krmeni dvakrát denně a ti, kteří odmítali jíst, byli krmeni silou. Ti, kteří zemřeli, byli hodeni přes palubu.
kombinace nemocí, nedostatečného jídla,vzpoury a trestu si vyžádala těžkou daň na zajatcích i posádce. Přežívající záznamy naznačují, že až do roku 1750 zemřel jeden z pěti Afričanů na palubě lodi.
některé evropské vlády, například Britové a Francouzi, zavedly zákony pro kontrolu podmínek na palubě. Snížili počet lidí povolených na palubě a vyžadovali, aby byl chirurg přepraven. Hlavním důvodem pro přijetí opatření byla starost o posádku a ne o zajatce.
chirurgové, i když často nekvalifikovaní, dostávali peníze na hlavu, aby udrželi zajatce naživu. O 1800 záznamy ukazují, že počet Afričanů, kteří zemřeli se snížil na asi jeden z osmnácti.