Las condiciones a bordo del barco durante el Paso Medio eran espantosas. Los hombres estaban agrupados bajo cubierta y asegurados con grilletes en las piernas. El espacio era tan estrecho que se vieron obligados a agacharse o acostarse. Las mujeres y los niños se mantenían en cuartos separados, a veces en cubierta, lo que les permitía una libertad de movimiento limitada, pero esto también los exponía a la violencia y el abuso sexual por parte de la tripulación.
El aire en la bodega era asqueroso y putrefacto. El mareo era común y el calor era opresivo. La falta de saneamiento y las condiciones sofocantes significan que existe una amenaza constante de enfermedad. Las epidemias de fiebre, disentería (el «flujo») y viruela fueron frecuentes. Los cautivos soportaron estas condiciones durante unos dos meses, a veces más.
Con buen tiempo, los cautivos fueron llevados a cubierta a media mañana y obligados a hacer ejercicio. Se les daba de comer dos veces al día y los que se negaban a comer eran alimentados a la fuerza. Los que murieron fueron arrojados por la borda.
La combinación de enfermedad, comida inadecuada, rebelión y castigo tuvo un alto costo para los cautivos y la tripulación por igual. Los registros sobrevivientes sugieren que hasta la década de 1750 uno de cada cinco africanos a bordo de un barco murió.
Algunos gobiernos europeos, como el británico y el francés, introdujeron leyes para controlar las condiciones a bordo. Redujeron el número de personas permitidas a bordo y requirieron que se llevara a un cirujano. La razón principal para tomar medidas fue la preocupación por la tripulación y no por los cautivos.
A los cirujanos, aunque a menudo no estaban calificados, se les pagaba dinero para mantener vivos a los cautivos. Alrededor de 1800 registros muestran que el número de africanos que murieron había disminuido a aproximadamente uno de cada dieciocho.