de omstandigheden aan boord van het schip tijdens de middelste Passage waren verschrikkelijk. De mannen zaten benedendeks bij elkaar en werden vastgezet met beenijzers. De ruimte was zo krap dat ze gedwongen werden om te hurken of te gaan liggen. Vrouwen en kinderen werden in aparte vertrekken gehouden, soms aan dek, waardoor ze beperkte bewegingsvrijheid kregen, maar dit stelde hen ook bloot aan geweld en seksueel misbruik van de bemanning.
de lucht in het ruim was vuil en verrot. Zeeziekte was gebruikelijk en de hitte was onderdrukkend. Het gebrek aan sanitaire voorzieningen en verstikkende omstandigheden betekende dat er een constante dreiging van ziekte. Epidemieën van koorts, dysenterie (de ‘flux’) en pokken waren frequent. Gevangenen ondergingen deze omstandigheden ongeveer twee maanden, soms langer.
bij goed weer werden de gevangenen halverwege de ochtend aan dek gebracht en gedwongen te oefenen. Ze werden twee keer per dag gevoed en degenen die weigerden te eten werden gedwongen gevoed. Degenen die stierven werden overboord gegooid.
de combinatie van ziekte, onvoldoende voedsel, rebellie en straf eiste een zware tol voor zowel gevangenen als bemanningsleden. Volgens overlevering is tot de jaren 1750 één op de vijf Afrikanen aan boord van het schip gestorven.
sommige Europese regeringen, zoals de Britse en Franse, hebben wetten ingevoerd om de omstandigheden aan boord te controleren. Ze verminderden het aantal mensen dat aan boord mocht en vereisten dat een chirurg moest worden gedragen. De belangrijkste reden voor actie was bezorgdheid voor de bemanning en niet voor de gevangenen.
de chirurgen, hoewel vaak ongekwalificeerd, kregen hoofdgeld om gevangenen in leven te houden. Uit ongeveer 1800 gegevens blijkt dat het aantal Afrikanen dat stierf was gedaald tot ongeveer een op de achttien.