Die Bedingungen an Bord des Schiffes während der mittleren Passage waren entsetzlich. Die Männer waren unter Deck zusammengepackt und mit Beineisen gesichert. Der Raum war so eng, dass sie gezwungen waren, sich zu ducken oder hinzulegen. Frauen und Kinder wurden in getrennten Quartieren gehalten, manchmal an Deck, was ihnen eingeschränkte Bewegungsfreiheit ermöglichte, sie aber auch Gewalt und sexuellem Missbrauch durch die Besatzung aussetzte.
Die Luft im Laderaum war stinkend und faulig. Seekrankheit war üblich und die Hitze war drückend. Der Mangel an sanitären Einrichtungen und erstickenden Bedingungen bedeutete, dass es eine ständige Gefahr von Krankheiten gab. Epidemien von Fieber, Ruhr (der ‚Fluss‘) und Pocken waren häufig. Gefangene ertrugen diese Bedingungen etwa zwei Monate lang, manchmal länger.
Bei gutem Wetter wurden die Gefangenen am Vormittag an Deck gebracht und zur Übung gezwungen. Sie wurden zweimal am Tag gefüttert und diejenigen, die sich weigerten zu essen, wurden zwangsernährt. Diejenigen, die starben, wurden über Bord geworfen.
Die Kombination aus Krankheit, unzureichender Ernährung, Rebellion und Bestrafung forderte einen hohen Tribut von Gefangenen und Besatzung. Überlebende Aufzeichnungen deuten darauf hin, dass bis in die 1750er Jahre einer von fünf Afrikanern an Bord eines Schiffes starb.
Einige europäische Regierungen, wie die Briten und Franzosen, führten Gesetze ein, um die Bedingungen an Bord zu kontrollieren. Sie reduzierten die Anzahl der an Bord zugelassenen Personen und erforderten die Mitnahme eines Chirurgen. Der Hauptgrund, Maßnahmen zu ergreifen, war die Sorge um die Besatzung und nicht um die Gefangenen.
Die Chirurgen, obwohl oft unqualifiziert, erhielten Kopfgeld, um Gefangene am Leben zu erhalten. Bis etwa 1800 zeigen Aufzeichnungen, dass die Zahl der Afrikaner, die gestorben waren, auf etwa einen von achtzehn zurückgegangen war.