La identificación por ADN ha tenido usos eclécticos: salir a comer sushi falso, detectar carne de caballo en albóndigas Ikea y capturar a un asesino gracias a un pelo revelador de Bola de nieve el gato, por ejemplo. Nick Conley decidió comprar yogur Chobani, un delicioso producto acusado hace unas semanas de albergar un contaminante. Me encanta el yogur Chobani y la sede de su compañía está en una pequeña ciudad a una hora de mí en el norte del estado de Nueva York.
Nick me envió su entrada de blog de su empresa, Epibiome, y se ha ofrecido amablemente a compartirla. Está acompañado en Epibiome por el físico Aaron Tynes Hammack y el químico físico Hsiao-lu Lee. El doctorado de Nick es en química e hizo un postdoctorado en biología del desarrollo, ambos en Stanford, generando un impresionante registro de publicaciones y una compañía de cosméticos. Pero lo más importante para mí es que tiene perros basset, mi perro favorito.
Muchas gracias Nick!
El 9 de septiembre acabábamos de extraer ADN bacteriano de un conjunto de muestras de microbioma facial cuando decidí recompensarme con una taza de yogur griego Chobani con sabor a lima. Curiosamente, el papel de aluminio de la taza estaba abultado, el yogur era delgado y estaba extremadamente carbonatado. Tenga en cuenta la comparación con una taza «normal» con sabor a fresa en la foto.
Una búsqueda rápida en Google me llevó a la página de Facebook de Chobani, que mostró que muchas personas estaban reportando el mismo problema. Dado que muchas bacterias son capaces de fermentar ácido láctico, decidimos extraer el ADN bacteriano de esta taza de lima funky y una taza de fresa «normal» y hacer una secuenciación de ADNr de 16 S para identificar las bacterias presentes.
Desde el momento en que comenzamos nuestro estudio, Chobani anunció un retiro voluntario del mercado y desde entonces ha informado que cree que la contaminación proviene de un moho (Mucor circinelloides).
Nuestra técnica solo nos dará información sobre las bacterias presentes, no sobre mohos, que son un tipo de hongo. Sin embargo, estamos muy emocionados de ver si hay alguna bacteria inesperada en el cultivo y de entender cómo la contaminación por moho cambia la composición de las bacterias originales en el cultivo de yogur. Informaremos de nuestros resultados en unos días.
Y sí, me comí el yogur de lima y estaba bien. La carbonatación fue emocionante, generando un kéfir (¿como un mojito?) yogur. Mientras que los puristas de yogur griego podrían tener problemas (¿realmente comerían yogur con sabor a lima de todos modos?), creo que Chobani debería intentar lograr la carbonatación con una bacteria fermentadora de ácido láctico y lanzarla como un nuevo producto.
10 de septiembre Nos complace anunciar los resultados de secuenciación de ADNr bacteriano 16S de nuestras dos muestras de yogur griego Chobani: una taza con sabor a fresa de apariencia normal y una taza de lima retirada del mercado.
Hemos determinado sin ambigüedades que la taza de lima utilizada en nuestro estudio participó en la retirada porque el número de IMS coincide exactamente con el publicado en el sitio de retirada de la FDA (y el yogur mostró todas las características). No se pudo encontrar dicho número de IMS en la taza de fresa, cuyo contenido parecía normal, por lo que lo usamos para compararlo con el yogur de lima retirado del mercado.
No cuestionamos nada de lo que Chobani haya informado sobre la causa del retiro del mercado, incluido el contaminante de moho y su naturaleza no peligrosa. Aunque la FDA está investigando las quejas de enfermedad relacionadas con el yogur retirado del mercado, no se ha determinado si existe o no tal vínculo. Es importante destacar que los datos que presentamos a continuación no muestran de ninguna manera que el yogur Chobani retirado del mercado fuera capaz de causar enfermedades o causar enfermedades de cualquier tipo.
Nuestro estudio se realizó exclusivamente para satisfacer la curiosidad, y nuestro experimento tiene varias deficiencias, incluidas: (a) un tamaño de muestra muy pequeño (n = 2), (b) la comparación de sabores de fresa al 0% de grasa y lima al 2% de grasa, (c) la falta de homogeneidad en la taza de yogur, lo que podría llevar a la recolección de una muestra no representativa, (d) sesgo de PCR sesgo de PCR, (e) la posibilidad de identificación errónea de organismos que comparten una secuencia común de ADNr de 16S, (f) errores de secuenciación que dan lugar a una caracterización errónea de la taxonomía bacteriana, (g) bases de datos de alineación incorrecta, y (h) la posibilidad de contaminación del ADN. Puede haber otras deficiencias de las que no somos conscientes.
A continuación se muestran gráficos circulares que muestran el orden taxonómico asociado con las lecturas de ADNr de 16S más abundantes de la taza de fresa de apariencia normal y la taza de lima retirada del mercado.
Chobani indica que tienen tres cultivos probióticos en su yogur: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei y Bifidus. Los dos primeros pertenecen a los órdenes taxonómicos Lactobacillales y el segundo pertenece a Bifidobacteriales, lo que es consistente con lo que encontramos al secuenciar el ADN bacteriano en la taza de fresa normal.
Sin embargo, el yogur de lima retirado del mercado muestra una distribución considerablemente diferente. De un total de 1.950.616 lecturas para esta muestra, 190.331 (9,8%) pertenecían al orden Oceanospirillales. Afortunadamente, los datos de secuencia contienen más información que el orden; también dan una idea de la familia taxonómica de la bacteria (Oceanrickettsiaceae) y el género (Oceanrickettsia). Sin embargo, aquí es donde las cosas se vuelven extremadamente oscuras, porque aparte de un par de entradas de secuencia en Genbank en Genbank en un organismo que comparte el mismo género (Oceanrickettsia ariakensis), no sabemos casi nada sobre estas bacterias. Tan poco, de hecho, que la familia taxonómica y el género no han sido formalmente aceptados y el organismo ha sido relegado a una lista de «Gammaproteobacterias no clasificadas.»
De lo poco que podemos recoger, dos científicos chinos afiliados al Instituto de Oceanología del Mar de China Meridional, los Dres. Xiangyun Wu y Yang Zhang, depositaron los datos de secuencia de Oceanrickettsia ariakensis en la base de datos en 2005 e indicaron que aislaron la bacteria de una ostra (Crassostrea ariakensis). Creían que la bacteria infectaba la ostra y contribuía a su muerte masiva.
Es muy importante tener en cuenta que no hay evidencia de que esta bacteria sea patógena en humanos. Además, el trabajo de Wu y Zhang no parece haber sido verificado de forma independiente ni sometido a revisión por pares (a nuestro leal saber y entender).
¿Significa esto que el retiro del yogur Chobani tuvo algo que ver con la contaminación de ostras? Absolutamente no! Es posible que las bacterias cuyo ADN detectamos ya estuvieran presentes en pequeñas cantidades en uno de los ingredientes del yogur, y cuando el moho se hizo cargo del cultivo del yogur, creó las condiciones que le permitieron prosperar. En apoyo de esta teoría, se observaron 198 lecturas de un total de 1.713.939 que correspondían al pedido de Oceanospirillales (0,012%) en el yogur de fresa. O tal vez nuestros hallazgos proporcionan alguna idea de la fuente de contaminación. Es demasiado pronto para decirlo.
Pero lo que podemos decir es que tenemos mucho más que aprender sobre las bacterias. Solo podemos cultivar (y, por lo tanto, estudiar a fondo) aproximadamente el 1% de las especies bacterianas del planeta. Con la última generación de tecnologías de secuenciación, podemos secuenciarlo todo. Me pregunto qué más hay ahí fuera. Nosotros también.
no he dejado de comer Feudales de yogur y todavía soy un gran fan! Muchas marcas de confianza se han enfrentado a un retiro del mercado en algún momento de su historia. La contaminación microbiana es una preocupación constante entre los fabricantes de alimentos y no es infrecuente. La gran mayoría de las veces, los pasajeros adicionales a los que llamamos bacterias simplemente se van para el viaje, completamente desapercibidos.