Durante su período en Harvard, Murray asistió a conferencias de Alfred North Whitehead, cuya filosofía de proceso marcó su pensamiento filosófico y metafísico a lo largo de su carrera profesional.
En 1927, a la edad de 33 años, Murray se convirtió en director asistente de la Clínica Psicológica de Harvard. Desarrolló los conceptos de necesidades latentes (no mostradas abiertamente), necesidades manifiestas (observadas en las acciones de las personas), «prensa» (influencias externas en la motivación) y «thema»—»un patrón de prensa y necesidad que se une en torno a interacciones particulares».
Murray colaboró con Stanley Cobb, profesor Bullard de Neuropatología en la Escuela de Medicina, para introducir el psicoanálisis en el plan de estudios de Harvard, pero para mantener a los que lo enseñaban alejados del aparato de toma de decisiones en Viena. Cobb y él prepararon el escenario para la fundación de la Sociedad Psicoanalítica de Boston después de 1931, pero ambos fueron excluidos de la membresía por motivos políticos.
En 1935, Murray y Morgan desarrollaron el concepto de apercepción y la suposición de que el pensamiento de todos está formado por procesos subjetivos, la razón detrás de la prueba Temática de apercepción. Usaron el término «apercepción» para referirse al proceso de proyectar imágenes de fantasía sobre un estímulo objetivo.
En 1937, Murray se convirtió en director de la Clínica Psicológica de Harvard. En 1938 publicó Exploraciones en Personalidad, un clásico de la psicología, que incluye una descripción de la Prueba Temática de Percepción. En 1938 Murray actuó como consultor para el Gobierno británico, estableciendo el Comité de Selección de Oficiales. El trabajo de Murray en la Clínica Psicológica de Harvard le permitió aplicar sus teorías en el diseño de los procesos de selección con una «prueba de situación», una evaluación basada en tareas y actividades prácticas, un análisis de criterios específicos (por ejemplo, «liderazgo») por parte de varios evaluadores en una gama de actividades. Los resultados se combinaron para lograr una evaluación general.
Segunda Guerra Mundial, Oficina de Servicios Estratégicos, 1939-45editar
Durante la Segunda Guerra Mundial, dejó Harvard y trabajó como teniente coronel para la Oficina de Servicios Estratégicos (OSS). James Miller, a cargo de la selección de agentes secretos en la OSS durante la Segunda Guerra Mundial, dijo que la prueba de situación fue utilizada por el Comité de Selección de Oficiales de Guerra Británicos y la OSS para evaluar a los agentes potenciales.
En 1943 Murray ayudó a completar el Análisis de la Personalidad de Adolfo Hitler, encargado por el jefe de la OSS, MGen. William «Wild Bill» Donovan. El informe se realizó en colaboración con el psicoanalista Walter C. Langer, el Dr. Ernst Kris, de la Nueva Escuela de Investigación Social, y el Dr. Bertram D. Lewin, del Instituto Psicoanalítico de Nueva York. El informe utilizó muchas fuentes para perfilar a Hitler, incluidos informantes como Ernst Hanfstaengl, Hermann Rauschning, la princesa Stephanie von Hohenlohe, Gregor Strasser, Friedelinde Wagner y Kurt Ludecke. El innovador estudio fue pionero en la caracterización de delincuentes y la psicología política. Además de predecir que Hitler elegiría el suicidio si la derrota de Alemania estaba cerca, el informe colaborativo de Murray declaró que Hitler era impotente en lo que respecta a las relaciones heterosexuales y que había una posibilidad de que Hitler hubiera participado en una relación homosexual. El informe decía: «La creencia de que Hitler es homosexual probablemente se ha desarrollado (a) por el hecho de que muestra tantas características femeninas, y (b) por el hecho de que había tantos homosexuales en el Partido durante los primeros días y muchos continúan ocupando posiciones importantes. Probablemente es cierto que Hitler llama a Albert Forster «Bubi», que es un apodo común empleado por los homosexuales al dirigirse a sus parejas.»
Harvard human experiments, 1959-62editar
En 1947, regresó a Harvard como investigador principal, dio conferencias y estableció con otros el Anexo de la Clínica Psicológica.
Desde finales de 1959 hasta principios de 1962, Murray fue responsable de experimentos poco éticos en los que utilizó veintidós estudiantes de Harvard como sujetos de investigación. Entre otros objetivos, los experimentos buscaron medir las respuestas de los individuos al estrés extremo. Los estudiantes involuntarios fueron sometidos a lo que Murray llamó ataques «vehementes, radicales y personalmente abusivos». Se utilizaron ataques específicamente adaptados a sus egos, ideas y creencias preciadas para causar altos niveles de estrés y angustia. Los sujetos vieron imágenes grabadas de sus reacciones a este abuso verbal repetidamente.
Entre ellos estaba Ted Kaczynski, de 17 años, un matemático que se convirtió en el Unabomber, un terrorista doméstico que atacó a académicos y tecnólogos durante 18 años. El libro de Alston Chase Harvard y el Unabomber: La educación de un terrorista estadounidense conecta las experiencias abusivas de Kaczynski bajo Murray con su carrera criminal posterior.
En 1960, Timothy Leary comenzó la investigación en drogas psicodélicas en Harvard, que se dice que Murray supervisó.