La Primera y la Segunda repúblicas
La discordia y la violencia han marcado a Burundi desde la independencia. Aunque el derramamiento de sangre no se ha producido en la escala que se ha visto en Rwanda, el conflicto étnico ha provocado cientos de miles de muertes y cientos de miles de personas desplazadas de sus hogares. El primer incidente no ocurrió hasta enero de 1965, cuando Pierre Ngendandumwe, un hutu, asumió el cargo de primer ministro por segunda vez, a petición del monarca constitucional Mwami Mwambutsa. Ngendandumwe fue asesinado por un pistolero tutsi el 15 de enero, antes de que tuviera la oportunidad de establecer un gobierno. Joseph Bamina, otro hutu, se desempeñó como primer ministro hasta que se pudieron celebrar elecciones ese mismo año. Aunque las elecciones dieron a los hutus una clara mayoría de escaños en la Asamblea Nacional, Mwambutsa ignoró los resultados y nombró a un tutsi—Léopold Biha, su secretario privado—primer ministro. Mwambutsa insistió en que el poder seguiría recayendo en la corona, incluso cuando decidió abandonar el país después de un golpe de estado fallido dirigido por un grupo de oficiales hutus en octubre; decretó que su hijo, el príncipe Carlos Ndizeyeto, gobernaría en su ausencia.
El control de Burundi cayó completamente en manos de los tutsis antes de finales del año siguiente. Después del fallido golpe de Estado, unos 34 oficiales hutus fueron ejecutados, y el control tutsi se fortaleció aún más cuando Michel Micombero fue nombrado primer ministro en julio de 1966. Micombero, un tutsi-Bahima de la provincia de Bururi, había desempeñado un papel clave en frustrar el golpe de estado de 1965 y en organizar disturbios contra los hutus en el campo. También en julio de 1966, Mwambutsa fue depuesto por su hijo, quien comenzó lo que iba a ser un reinado extremadamente corto, ya que él mismo fue depuesto por políticos tutsis en noviembre. Con el derrocamiento formal de la monarquía y la proclamación formal de la Primera República (con Micombero como presidente), se eliminó el último obstáculo en el camino de la dominación tutsi.
Ningún otro acontecimiento arrojó mayor descrédito sobre la Primera República que los asesinatos genocidas perpetrados contra la comunidad hutu en abril y mayo de 1972. Aunque los hutus mataron inicialmente a unos 2.000 tutsis, en última instancia se estima que murieron entre 100.000 y 200.000 hutus, así como otros 10.000 tutsis. La matanza se cobró la vida de aproximadamente el 5% de la población y prácticamente eliminó a todos los hutus educados, además de provocar la huida del país de más de 100.000 hutus. Además de crear un odio profundo y duradero en ambos lados de la división étnica, los acontecimientos de 1972 se convirtieron en fuente de considerable tensión dentro de la minoría tutsi, allanando así el camino para el derrocamiento de Micombero en 1976 y el advenimiento de la Segunda República bajo la presidencia de Jean-Baptiste Bagaza. A pesar de ser un Tutsi-Bahima de Bururi (como Micombero), Bagaza se propuso revitalizar el UPRONA a una escala sin precedentes. Al mismo tiempo, se hizo todo lo posible para que la Iglesia Católica Romana estuviera firmemente bajo el control del Estado, ya que el gobierno controlado por los tutsis pensaba que las políticas de la iglesia favorecían a los hutus. Como resultado de los esfuerzos del gobierno, las actividades de la iglesia fueron reprimidas.