Cuando los sobrevivientes náufragos de la desafortunada expedición de 1528 de Pánfil de Narváez llegaron a Malhado (o Isla de la Desgracia), al oeste de la Isla de Galveston, se encontraron con nativos amigos. Uno de los españoles, Alvar Núñez Cabeza de Vaca, informó que estas personas costeras les proporcionaban comida y refugio y los trataban bien. De Vaca vivió y cazó con los indios durante varios años,y sus relatos escritos proporcionaron un tesoro de información. La costa pantanosa e infestada de mosquitos de lo que se convertiría en Texas fue el hogar de bandas de nativos-Capachos (o Cocos), Kohanis, Kopanes y Carancaquacas (o Karankawas)— que hablaban un idioma común y que se conocieron colectivamente como los Karankawas. Después de la extensa visita de de Vaca, pasarían más de 150 años antes de que los europeos volvieran a tener contacto con los Karankawa. Hoy en día, solo se han conservado unas 100 palabras del idioma de la tribu extinta hace mucho tiempo.
Por supuesto, otros indios del sur, como los Coahuiltecas y los Tonkawas, conocieron a los Karankawas antes de que llegaran los españoles en el siglo XVI. Su nombre ha sido llamado una traducción Choctaw para «maneater», pero otras traducciones de» Karankawas «incluyen» guardianes del perro «y» amantes de los perros».»De hecho, estos nativos criaron y mantuvieron una raza de perro que tenía las características de coyotes y zorros. Un pueblo nómada que viajaba a pie y en canoa, los Karankawas se movían entre el continente y las islas de la barrera, y comían una amplia variedad de alimentos, incluidos peces, mariscos, tortugas, caimanes, osos, ciervos, pavos, patos y conejos. Para la caza y la guerra, generalmente usaban el arco largo y las flechas de cedro. Jean Louis Bernaldier, un naturalista francés que observó a los indios de Texas en la década de 1820, señaló que los Karankawa incluso mataban grandes peces con sus flechas en las muchas bahías y ensenadas a lo largo de la costa de Texas.
Supuestamente se dedicaban a ritos caníbales, pero en qué grado nunca se ha establecido. Devorar la carne de enemigos muertos o moribundos no era raro entre las tribus de Texas. Aparentemente eran más altos que sus vecinos y sus visitantes europeos. En los años 1960 y 70, los arqueólogos determinaron a través de la excavación de restos óseos que los Karankawas masculinos tenían un promedio de al menos 6 pies y 6 pulgadas de altura y que las mujeres rara vez tenían menos de 6 pies de altura. Según Cabeza de Vaca, tenían cabezas grandes, manchas multicolores en la cara, tatuajes en el cuerpo y «asombrosa destreza física.»Como vivían en un clima cálido y húmedo, su ropa era escasa, los hombres llevaban solo ropa de nalgas y las mujeres faldas de hierba hasta la rodilla sin blusas. En el siglo XIX, el guardabosques de Texas Noah Smithwick los llamó «los seres humanos más salvajes» que jamás había visto.
En 1685, el explorador René Robert Cavelier, sieur de La Salle, dirigió una expedición francesa en busca del río Mississippi y navegó hacia el corazón del país de Karankawa. Su navegación lejos de su curso, La Salle llegó a una ensenada en la desembocadura del río Brazos que se conoció como Arroyo Garcitas, cerca de la Bahía de Matagorda. El explorador estableció un puesto de avanzada allí que llamó Fort St. Louis en honor del rey de Francia. Los Karankawas no estaban contentos con el fuerte o la actitud de los intrusos. Después de que varios franceses robaran un par de canoas nativas, un jefe de Karankawa fue al fuerte y pidió que se devolvieran las canoas. Fue rechazado. Varios consejos de paz fracasaron, y los ataques de ambos lados se convirtieron en la rutina diaria. Un día, cerca de su aldea, Karankawas capturó a unos cuantos franceses que se alimentaban. Los Indios atados y apostaron a sus prisioneros, rodajas de carne de sus cuerpos, asado de la carne y lo consumen.
Esta orgía caníbal llevó a represalias por parte de los franceses, que bombardearon el pueblo con»medicina fuerte»: cañones y mosquetes. Los aldeanos se retiraron apresuradamente, pero apenas habían abandonado la lucha. Aunque mal armados, los Karankawas también vieron las limitaciones de los cargueros franceses. Al esparcir una mezcla de barro y aceite de pescado sobre sus cuerpos para repeler a los insectos, los nativos pudieron permanecer inmóviles cuando se escondían durante los combates nocturnos. Los franceses no habían pacificado a los habitantes de las marismas ni se habían hecho amigos de ellos. A mediados de 1687, los franceses se estaban quedando sin suministros críticos, por lo que La Salle llevó a muchos de sus hombres más sanos al norte hacia Canadá para obtener pólvora, medicamentos y otros productos básicos. Los otros hombres se quedaron en Fort St. Louis para proteger a las mujeres, los niños y los enfermos; pronto más de unos pocos indios contrajeron enfermedades del hombre blanco, que resultaron mortales.
Sospechando traición, los Karankawas atacaron y destruyeron el Fuerte de San Luis, salvando solo la vida de seis niños, que fueron tomados cautivos. Los atacantes, temiendo el regreso de La Salle, levantaron rápidamente sus wigwams portátiles, o ba-aks, y se mudaron a una nueva ubicación. El explorador francés nunca regresó, pero en la década de 1690, los españoles rescataron a algunos de los niños, dos de los cuales (Jean-Baptiste y Pierre Talon) fueron devueltos a Francia en 1698.
En la década de 1700, los franceses volvieron a interesarse en el país de Karankawa, y al hacerlo a veces se enfrentaron con los rivales españoles. En 1719, un marinero francés naufragado, François Simars de Bellisle, cayó en manos de los nativos y vivió con ellos durante 15 meses antes de escapar a Luisiana. Bellisle transmitió su conocimiento de la población costera a las autoridades francesas, lo que llevó a la expedición terrestre de Jean Baptiste Bénard de La Harpe en 1721 a la patria Karankawa. Para contrarrestar esta intromisión francesa, los españoles construyeron una misión, Espíritu Santo de Zúñiga, y el Presidio de Loreto, no muy lejos del antiguo Fuerte de San Luis. Juntas, las nuevas estructuras se conocieron como La Bahía.
Los españoles planearon convertir a los Karankawas al cristianismo y convertirlos en súbditos leales de España. En cambio, en 1726, los indios abandonaron La Bahía para vivir en los pantanos. Pero si los nativos eran tercos, los españoles eran persistentes, continuaban estableciendo misión tras misión. En 1754 construyeron la Misión Rosario, en el río San Antonio río arriba de La Bahía, y una docena de años más tarde, 101 Karankawas estaban allí aprendiendo sobre el catolicismo. Los indios finalmente abandonaron el área, y una tercera misión, Nuestra Señora del Refugio, fue construida en 1791. Debido a deserciones y ataques de otros indios, esa misión tuvo que ser reubicada tres veces. En 1814, la misión tenía una población de 190 Karankawas y Coahuiltecas, pero la mayoría de ellos se marcharían a principios de la década de 1820 debido a los ataques comanches. Las misiones serían secularizadas a principios de la década de 1830.
Los esfuerzos fallidos para cristianizar a los Karankawas fueron seguidos por algunos intentos fallidos de los españoles para establecer la paz a través del comercio. En un momento dado, los españoles estaban tan desesperados que contrataron al francés Athanase de Mézières y Clugny como agente indio, pero no pudo ganarse a los nativos. Mientras tanto, las enfermedades europeas acabaron con muchos de los nativos que no cooperaban. Por ejemplo, en 1766 los Karankawas sufrieron lo que se describió como un «flagelo devastador» (probablemente una epidemia de sarampión o viruela).
Los nativos también sufrieron un golpe en 1819 en un enfrentamiento con el famoso pirata Jean Lafitte en la isla de Galveston. Después de que los hombres de Lafitte secuestraran a una mujer Karankawa, los indios enviaron 300 guerreros para rescatarla y expulsar a los piratas. En cambio, los 200 hombres de Lafitte, armados con un par de cañones de gran calibre y mosquetes de chispa, diezmaron las filas de Karankawa. Solo dos años más tarde, México se independizó de España y comenzó a alentar a los angloamericanos a emigrar a la provincia de Texas. Los mexicanos, en un intento de proteger a los recién llegados de los Estados Unidos, hablaron de paz con las diversas bandas de Karankawas, pero nunca llegaron a un acuerdo real. Se decía que los Karankawas se aprovechaban de los barcos que llegaban a los puertos de Texas.
Los colonos, liderados por Stephen F. Austin, reunieron a 90 hombres en 1824 y dirigieron una expedición al territorio de Karankawa. Los indios asustados buscaron refugio en la antigua misión de La Bahía, donde un sacerdote intervino para evitar el derramamiento de sangre. El jefe Karankawa Antonito llegó a un acuerdo con Austin—los indios permanecerían al oeste del río Lavaca, frente a las tierras de los colonos. En 1827 Antonito y el jefe Delgado renovaron el tratado después de reunirse con otro líder colono, Green DeWitt. Los colonos continuaron quejándose de que los indios a menudo se extendían al este del río Lavaca, lo que resultó en enfrentamientos periódicos. Los Karankawas altos y musculosos luchaban no solo en una batalla perdida contra los tejanos, sino también contra los Tonkawas y Comanches mejor armados.
Cuando Texas se convirtió en una república independiente en 1836, los tejanos todavía tenían muchos problemas indios, pero no de los Karankawas. Quedaban muy pocos de ellos, sus bandas menguantes ocupaban territorio desde el extremo oeste de la isla de Galveston hasta donde más tarde surgiría Corpus Christi. A principios de 1840, algunos de los Karankawas todavía estaban asaltando a los colonos, por lo que un grupo de tejanos bien armados tomaron represalias, atacando a una banda acampada en el río Guadalupe cerca de Victoria.
Justo antes de la Guerra Mexicana de 1846-47, la mayoría de los Karankawas se trasladaron al sur de la frontera a la región de Tamaulipas en México. Debido a que supuestamente atacaron asentamientos mexicanos alrededor de Reynosa, las autoridades mexicanas persiguieron a los indios. Después de la guerra, los mexicanos continuaron presionando a los Karankawas, y a finales de la década de 1850, la mayoría de los indios sobrevivientes estaban de vuelta en Texas, plantando sus campamentos en las cercanías de la Ciudad de Río Grande.
Como era de esperar, los tejanos no estaban contentos de verlos. En el verano de 1858, Juan Nepomuceno Cortina hizo algo al respecto. Lideró una fuerza militar de Texas en una redada que casi acabó con la última banda de Karankawas. Más de 170 años antes, el robo de dos canoas por franceses había hecho que los Karankawas desconfiaran de los hombres blancos y, en general, evitaran su tipo de civilización. La insistencia de los Karankawa en ser fieles a sus propias costumbres y en evitar la asimilación, combinada con las enfermedades del hombre blanco y las políticas de exterminio de los mexicanos y tejanos, los condenaron. No importaba que fueran altos, fuertes y feroces; en 1860 se habían extinguido.