L’identification par ADN a eu des utilisations éclectiques: sortie de faux sushis, détection de viande de cheval dans des boulettes de viande Ikea et capture d’un meurtrier grâce à un poil révélateur de Snowball the cat, par exemple. Nick Conley a décidé de s’attaquer au yogourt Chobani, un délicieux produit accusé il y a quelques semaines d’abriter un contaminant. J’adore le yogourt Chobani et le siège de leur entreprise se trouve dans une petite ville à environ une heure de moi, dans le nord de l’État de New York.
Nick m’a envoyé son article de blog de sa société, Epibiome, et m’a gracieusement proposé de le partager. Il est rejoint à Epibiome par le physicien Aaron Tynes Hammack et le chimiste physique Hsiao-lu Lee. Le doctorat de Nick est en chimie et il a fait un post-doctorat en biologie du développement, à la fois à Stanford, générant un dossier de publication impressionnant et une entreprise de cosmétiques. Mais le plus important pour moi est qu’il a des basset hounds, mon chien préféré.
Merci beaucoup Nick!
9 septembre Nous venions d’extraire l’ADN bactérien d’un ensemble d’échantillons de microbiome facial lorsque j’ai décidé de me récompenser avec une tasse de yogourt grec Chobani au citron vert. Curieusement, la feuille sur la tasse était bombée, le yogourt était mince et extrêmement gazéifié. Notez la comparaison avec une tasse à saveur de fraise « normale » sur la photo.
Une recherche rapide sur Google m’a amené sur la page Facebook de Chobani, qui a montré que de nombreuses personnes signalaient le même problème. Comme beaucoup de bactéries sont capables de fermenter l’acide lactique, nous avons décidé d’extraire l’ADN bactérien de cette tasse de citron vert géniale et d’une tasse de fraise « normale » et de faire un séquençage de l’ADNr 16S pour identifier les bactéries présentes.
Depuis le début de notre étude, Chobani a annoncé un rappel volontaire et a depuis indiqué qu’il croyait que la contamination provenait d’une moisissure (Mucor circinelloides).
Notre technique ne nous donnera que des informations sur les bactéries présentes, pas sur les moisissures, qui sont un type de champignon. Néanmoins, nous sommes très heureux de voir s’il y a des bactéries inattendues dans la culture et de comprendre comment la contamination par les moisissures modifie la composition des bactéries d’origine dans la culture de yogourt. Nous communiquerons nos résultats dans quelques jours.
Et oui, j’ai mangé le yaourt au citron vert et j’allais bien. La carbonatation était excitante, générant un kéfir semblable à un mojito ?) yogourt. Alors que les puristes du yogourt grec pourraient contester (mangeraient-ils vraiment du yogourt au citron vert de toute façon?), je pense que Chobani devrait essayer de réaliser la carbonatation avec une bactérie de fermentation de l’acide lactique et la lancer comme un nouveau produit.
10 septembre Nous sommes heureux d’annoncer les résultats du séquençage bactérien de l’ADNr 16S de nos deux échantillons de yogourt grec Chobani: une tasse à saveur de fraise d’aspect normal et une tasse de citron vert rappelée.
Nous avons déterminé sans ambiguïté que la tasse de citron vert utilisée dans notre étude était impliquée dans le rappel, car le numéro IMS correspond exactement à celui affiché sur le site de rappel de la FDA (et le yogourt présentait toutes les caractéristiques). Aucun numéro IMS de ce type n’a pu être localisé sur la coupe de fraises, dont le contenu semblait normal, nous l’avons donc utilisé pour comparer avec le yogourt au citron vert rappelé.
Nous ne contestons rien de ce que Chobani a signalé sur la cause du rappel, y compris le contaminant de moisissure et son caractère non dangereux. Bien que la FDA enquête sur les plaintes de maladie liées au yogourt rappelé, aucune décision n’a été prise quant à l’existence ou non d’un tel lien. Fait important, les données que nous présentons ci-dessous ne montrent en aucun cas que le yogourt Chobani rappelé était capable de causer une maladie ou de causer une maladie de quelque nature que ce soit.
Notre étude a été menée uniquement pour satisfaire la curiosité, et notre expérience présente plusieurs lacunes, notamment: (a) une très petite taille d’échantillons (n = 2), (b) la comparaison des arômes de fraise à 0% de matières grasses et de citron vert à 2% de matières grasses, (c) l’inhomogénéité dans la tasse de yogourt, qui pourrait conduire à la collecte d’un échantillon non représentatif, (d) biais de PCR Biais de PCR, (e) la possibilité d’une mauvaise identification d’organismes partageant une séquence commune d’ADNr 16S, (f) des erreurs de séquençage entraînant une mauvaise caractérisation de la taxonomie bactérienne, (g) des bases de données d’alignement incorrectes et (h) la possibilité d’une contamination de l’ADN. Il peut y avoir d’autres lacunes dont nous ne sommes pas conscients.
Vous trouverez ci-dessous des diagrammes à secteurs montrant l’ordre taxonomique associé aux lectures d’ADNr 16S les plus abondantes de la coupe de fraise d’apparence normale et de la coupe de citron vert rappelée.
Chobani indique qu’ils ont trois cultures probiotiques dans leur yogourt: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei et Bifidus. Les deux premiers appartiennent aux ordres taxonomiques Lactobacillales et le dernier appartient aux Bifidobactéries, ce qui est cohérent avec ce que nous avons trouvé en séquençant l’ADN bactérien dans la coupe de fraises normale.
Cependant, le yogourt au citron vert rappelé présente une distribution considérablement différente. Sur un total de 1 950 616 lectures pour cet échantillon, 190 331 (9,8%) appartenaient à l’ordre des Oceanospirillales. Heureusement, les données de séquence contiennent plus d’informations que l’ordre; elles donnent également un aperçu de la famille taxonomique de la bactérie (Oceanrickettsiaceae) et du genre (Oceanrickettsia). C’est là que les choses deviennent extrêmement obscures, cependant, car à part quelques entrées de séquence dans Genbank à Genbank sur un organisme partageant le même genre (Oceanrickettsia ariakensis), nous ne savons presque rien de ces bactéries. Si peu, en fait, que la famille taxonomique et le genre n’ont pas été formellement acceptés et que l’organisme a été relégué à une liste de « Gammaprotéobactéries non classifiées. »
Du peu que nous pouvons glaner, deux scientifiques chinois affiliés à l’Institut d’océanologie de la mer de Chine Méridionale, Drs. Xiangyun Wu et Yang Zhang ont déposé les données de séquence d’Oceanrickettsia ariakensis dans la base de données en 2005 et ont indiqué qu’ils ont isolé la bactérie d’une huître (Crassostrea ariakensis). Ils croyaient que la bactérie infectait l’huître et contribuait à sa mort massive.
Il est très important de noter qu’il n’y a aucune preuve que cette bactérie serait pathogène chez l’homme. De plus, le travail de Wu et Zhang ne semble pas avoir été vérifié de manière indépendante ou soumis à un examen par les pairs (à notre connaissance).
Cela signifie-t-il que le rappel de yogourt Chobani avait quelque chose à voir avec la contamination des huîtres? Absolument pas! Il est possible que les bactéries dont nous avons détecté l’ADN aient déjà été présentes en infimes quantités dans l’un des ingrédients du yogourt, et lorsque la moisissure a repris la culture du yogourt, elle a créé des conditions qui lui ont permis de prospérer. À l’appui de cette théorie, nous avons observé 198 lectures sur un total de 1 713 939 qui correspondaient à l’ordre des Oceanospirillales (0,012%) dans le yogourt à la fraise. Ou peut-être que nos résultats fournissent un aperçu de la source de contamination. Il est trop tôt pour le dire.
Mais ce que nous pouvons dire, c’est que nous avons beaucoup plus à apprendre sur les bactéries. Nous ne pouvons cultiver (et donc étudier en profondeur) qu’environ 1% des espèces bactériennes de la planète. Avec la dernière génération de technologies de séquençage, nous pouvons tout séquencer. Je me demande quoi d’autre est là-bas? Nous aussi.
Je n’ai pas arrêté de manger du yogourt Chobani et je suis toujours une grande fan! De nombreuses marques de confiance ont fait l’objet d’un rappel à un moment donné au cours de leur histoire. La contamination microbienne est une préoccupation constante chez les fabricants d’aliments et n’est pas rare. La grande majorité du temps, les passagers supplémentaires que nous appelons des bactéries accompagnent simplement le trajet, complètement inaperçus.