Le condizioni a bordo della nave durante il passaggio centrale erano spaventose. Gli uomini erano imballati insieme sotto coperta e sono stati garantiti da ferri da gamba. Lo spazio era così angusto che sono stati costretti ad accovacciarsi o sdraiarsi. Donne e bambini venivano tenuti in alloggi separati, a volte sul ponte, consentendo loro una limitata libertà di movimento, ma questo li esponeva anche alla violenza e agli abusi sessuali da parte dell’equipaggio.
L’aria nella stiva era sporca e putrida. Il mal di mare era comune e il caldo era opprimente. La mancanza di servizi igienico-sanitari e condizioni soffocanti significava che c’era una costante minaccia di malattia. Epidemie di febbre, dissenteria (il ‘flusso’) e vaiolo erano frequenti. I prigionieri sopportarono queste condizioni per circa due mesi, a volte più a lungo.
Con il bel tempo i prigionieri furono portati sul ponte a metà mattina e costretti ad esercitare. Venivano nutriti due volte al giorno e quelli che si rifiutavano di mangiare venivano nutriti forzatamente. Quelli che sono morti sono stati gettati in mare.
La combinazione di malattia, cibo inadeguato, ribellione e punizione ha avuto un pesante tributo sui prigionieri e sull’equipaggio. Documenti sopravvissuti suggeriscono che fino al 1750 uno su cinque africani a bordo della nave è morto.
Alcuni governi europei, come quello britannico e francese, hanno introdotto leggi per controllare le condizioni a bordo. Hanno ridotto il numero di persone ammesse a bordo e richiesto un chirurgo da trasportare. Il motivo principale per agire era la preoccupazione per l’equipaggio e non i prigionieri.
I chirurghi, anche se spesso non qualificati, venivano pagati per tenere in vita i prigionieri. Da circa 1800 documenti mostrano che il numero di africani che sono morti era sceso a circa uno su diciotto.