Identifikasjon av DNA har hatt eklektisk bruk: utflukt falsk sushi, oppdagelse av hestekjøtt I Ikea kjøttboller, og fange en morder takket være Et telltale hår Fra Snowball the cat, for eksempel. Nick Conley bestemte Seg For Å ta På chobani yoghurt, et deilig produkt anklaget for noen uker siden for å ha en forurensning. Jeg elsker Chobani yoghurt og deres hovedkontor ligger i en liten by omtrent en time fra meg i upstate New York.
Nick sendte meg sitt blogginnlegg Fra sitt firma, Epibiome, Og har nådig tilbudt å dele det. Han har sluttet Seg Til Epibiome av fysikeren Aaron Tynes Hammack og fysisk kjemiker Hsiao-lu Lee. Nicks Doktorgrad er i kjemi, og han gjorde en postdoktor i utviklingsbiologi, både Ved Stanford, og genererte en imponerende publikasjonsrekord og et kosmetikkfirma. Men viktigst for meg er at han har basset hounds, min favoritthund.
Mange Takk Nick!
9. September hadde vi nettopp hentet bakterielt DNA fra et sett med ansiktsmikrobiomprøver da jeg bestemte meg for å belønne meg selv med en kopp lime-flavored Chobani gresk yoghurt. Merkelig, folien på koppen var bulging, yoghurt var tynn, og det var ekstremt karbonert. Legg merke til sammenligningen med en» normal » jordbær smaksatt kopp på bildet.
et raskt google-søk førte Meg Til Chobanis Facebook-side, som viste at mange rapporterte det samme problemet. Siden mange bakterier er i stand til melkesyrefermentering, bestemte vi oss for å trekke ut bakteriens DNA fra denne funky kalkkoppen og en «normal» jordbærkopp og gjøre 16s rDNA-sekvensering for å identifisere bakteriene tilstede.
Siden vi startet vår studie, annonserte Chobani en frivillig tilbakekalling og har siden rapportert at den mener at forurensningen er fra en mugg (Mucor circinelloides).
vår teknikk vil bare gi oss informasjon om bakteriene tilstede, ikke om mugg, som er en type sopp. Likevel er vi veldig glade for å se om det er noen uventede bakterier i kulturen og å forstå hvordan muggforurensningen endrer sammensetningen av de opprinnelige bakteriene i yoghurtkulturen. Vi vil rapportere våre resultater innen få dager.
Og ja, jeg spiste lime yoghurt og jeg var fin. Karboneringen var spennende, og genererte en kefir-lignende (mojito-lignende?) yoghurt. Mens greske yoghurtpurister kan ta problem (ville de virkelig spise lime-flavored yoghurt uansett?), Tror Jeg Chobani bør forsøke å oppnå karboneringen med en melkesyrefermenterende bakterie og lansere den som et nytt produkt.
September 10 Vi er glade For å kunngjøre bakteriell 16s rDNA sekvensering resultater fra våre to chobani gresk yoghurt prøver: en jordbær-flavored kopp normalt utseende, og en tilbakekalt lime cup.
Vi har bestemt utvetydig at kalkkoppen som ble brukt i vår studie, var involvert i tilbakekallingen fordi IMS-nummeret samsvarer nøyaktig med DET som BLE lagt ut PÅ FDA-tilbakekallingsstedet (og yoghurt viste alle egenskapene). INGEN SLIKE IMS-nummer kunne ligge på jordbærkoppen, hvis innhold virket normalt, så vi brukte det til å sammenligne med den tilbakekalte lime yoghurt.
Vi bestrider ikke Noe Chobani har rapportert om årsaken til tilbakekallingen, inkludert muggforurensningen og dens ufarlige natur. SELV OM FDA undersøker klager på sykdom relatert til tilbakekalt yoghurt, har det ikke blitt bestemt om en slik kobling eksisterer eller ikke. Det er viktig at dataene vi presenterer nedenfor ikke på noen måte viser at den tilbakekalte chobani yoghurt var i stand til å forårsake sykdom eller forårsaket sykdom av noe slag.
vår studie ble utført rent for å tilfredsstille nysgjerrighet, og vårt eksperiment har flere mangler, inkludert: (a) en svært liten prøvestørrelse (n = 2), (b) sammenligningen av 0% fett jordbær og 2% fett lime smaker, (c) inhomogenitet i yoghurtkoppen, noe som kan føre til at en ikke-representativ prøve samles inn, (d) PCR-bias PCR-bias, (e) muligheten for feilidentifisering av organismer som deler en felles 16s rDNA-sekvens, (f) sekvenseringsfeil som resulterer i feilkarakterisering av bakteriell taksonomi, (g) feil justeringsdatabaser og (h) mulighet for DNA-forurensning. Det kan være andre mangler som vi ikke er klar over.
Nedenfor er kakediagrammer som viser den taksonomiske rekkefølgen forbundet MED de mest tallrike 16s rDNA leser fra den normale jordbærkoppen og den tilbakekalte kalkkoppen.
Chobani indikerer at De har tre probiotiske kulturer i deres yoghurt: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei og Bifidus. De to første tilhører taksonomiske ordrer Lactobacillales og sistnevnte tilhører Bifidobacteriales, som er i samsvar med det vi fant ved å sekvensere bakterielt DNA i den normale jordbærkoppen.
den tilbakekalte lime yoghurt viser imidlertid en betydelig annen fordeling. Av totalt 1.950.616 leser for denne prøven, tilhørte 190.331 (9.8%) Ordren Oceanospirillales. Heldigvis inneholder sekvensdataene mer informasjon enn ordren; de gir også innsikt i bakteriens taksonomiske familie (Oceanrickettsiaceae) og slekten (Oceanrickettsia). Det er her ting blir ekstremt uklare, for bortsett fra et par sekvensoppføringer I Genbank I Genbank på en organisme som deler samme slekt (Oceanrickettsia ariakensis), vet vi nesten ingenting om disse bakteriene. Så lite, faktisk, at taksonomisk familie og slekt ikke er formelt akseptert og organismen har blitt henvist til en liste over » uklassifiserte Gammaproteobakterier.»
fra det lille vi kan fange opp, To Kinesiske forskere tilknyttet South China Sea Institute Of Oceanology, Drs. Xiangyun wu Og Yang Zhang, deponerte sekvensdataene For Oceanrickettsia ariakensis i databasen i 2005 og indikerte at de isolerte bakteriene fra en østers (Crassostrea ariakensis). De trodde at bakteriene smittet østersen og bidro til den massive døden.
det er veldig viktig å merke seg at det ikke er noe bevis for at denne bakterien ville være patogen hos mennesker. Videre Synes arbeidet Til Wu og Zhang ikke å ha blitt uavhengig verifisert eller utsatt for peer review (til det beste av vår kunnskap).
betyr Dette At Chobani yoghurt tilbakekalling hadde noe å gjøre med østers forurensning? Absolutt ikke! Det er mulig at bakteriene HVIS DNA vi oppdaget allerede har vært til stede i små mengder i en av yoghurtens ingredienser, og da molden tok over yoghurtkulturen, skapte det forhold som tillot det å trives. Til støtte for denne teorien observerte vi 198 leser ut av 1.713.939 totalt som korresponderte med Ordre Oceanospirillales (0.012%) i jordbær yoghurt. Eller kanskje våre funn gir litt innsikt i forurensningskilden. Det er for tidlig å si.
Men det vi kan si er at vi har mye mer å lære om bakterier. Vi kan bare kultur (og derfor grundig studere) ca 1% av bakterieartene på planeten. Med den nyeste generasjonen av sekvenseringsteknologier kan vi sekvensere alt. Lurer på hva annet er der ute? Det gjør vi også.
jeg har ikke sluttet å spise chobani yoghurt og er fortsatt en stor fan! Mange pålitelige merkevarer har møtt en tilbakekalling på et tidspunkt i sin historie. Mikrobiell forurensning er en konstant bekymring blant matprodusenter og er ikke uvanlig. Det overveldende flertallet av tiden, de ekstra passasjerene vi kaller bakterier, går bare med på turen, helt ubemerket.