identificatie door DNA heeft eclectische toepassingen gehad: uitje van nep sushi, het detecteren van paardenvlees in IKEA gehaktballen, en het vangen van een moordenaar dankzij een telltale haar van Snowball The cat, bijvoorbeeld. Nick Conley besloot om Chobani yoghurt aan te nemen, een heerlijk product beschuldigd een paar weken geleden van het herbergen van een verontreiniging. Ik hou van Chobani yoghurt en hun hoofdkantoor is in een klein stadje ongeveer een uur van mij in de staat New York.Nick stuurde me zijn blog post van zijn bedrijf Epibiome, en heeft vriendelijk aangeboden om het te delen. Hij heeft zich bij Epibiome aangesloten bij fysicus Aaron Tynes Hammack en fysisch chemicus Hsiao-lu Lee. Nick ‘ s PhD is in de chemie en hij deed een post-doc in ontwikkelingsbiologie, zowel op Stanford, het genereren van een indrukwekkende publicatie record en een cosmetica bedrijf. Maar het belangrijkste voor mij is dat hij basset hounds heeft, mijn favoriete hond.
Hartelijk dank Nick!9 Sept we hadden net bacterieel DNA geëxtraheerd uit een set microbioommonsters van het gezicht toen ik besloot om mezelf te belonen met een kopje Chobani Griekse yoghurt met limoensmaak. Vreemd genoeg, de folie op de beker was uitpuilend, de yoghurt was dun, en het was extreem koolzuurhoudend. Let op de vergelijking met een “normale” aardbei smaak kopje op de foto.
een snelle google-zoekopdracht bracht me naar Chobani ‘ s Facebook-pagina, waaruit bleek dat veel mensen hetzelfde probleem meldden. Omdat veel bacteriën in staat zijn om melkzuurfermentatie, hebben we besloten om het bacteriële DNA te extraheren uit deze funky limoenkop en een “normale” aardbeienkop en doen 16S rDNA sequencing om de aanwezige bacteriën te identificeren.
sinds het begin van onze studie kondigde Chobani een vrijwillige terugroeping aan en heeft sindsdien gemeld dat het gelooft dat de besmetting afkomstig is van een schimmel (Mucor circinelloides).
onze techniek geeft ons alleen informatie over de aanwezige bacteriën, niet over schimmels, die een soort schimmel zijn. Toch zijn we erg enthousiast om te zien of er onverwachte bacteriën in de cultuur zijn en om te begrijpen hoe de schimmelverontreiniging de samenstelling van de oorspronkelijke bacteriën in de yoghurtcultuur verandert. We zullen onze resultaten binnen een paar dagen rapporteren.
en ja, ik at de limoen yoghurt en ik was prima. De carbonatie was spannend, het genereren van een kefir – achtige (mojito-achtige? yoghurt. Terwijl Griekse yoghurtpuristen probleem zou kunnen nemen(zouden ze echt het eten van limoensmaak yoghurt toch?), Ik denk dat Chobani moet proberen om de carbonatie te bereiken met een melkzuur fermenterende bacterie en lanceren als een nieuw product.
Sept 10 We zijn blij om de bacteriële 16S rDNA sequencing resultaten aan te kondigen van onze twee Chobani Griekse yoghurtmonsters: een kopje met aardbeiensmaak met een normaal uiterlijk en een teruggeroepen limoenkop.
we hebben ondubbelzinnig vastgesteld dat de kalkbeker die in onze studie werd gebruikt, betrokken was bij het terugroepen, omdat het IMS-nummer exact overeenkomt met dat op de terugroepsite van de FDA (en de yoghurt vertoonde Alle kenmerken). Geen dergelijk IMS-nummer kon worden gevestigd op de aardbei cup, waarvan de inhoud leek normaal, dus we gebruikten het om te vergelijken met de teruggeroepen limoen yoghurt.
we betwisten niets wat Chobani heeft gerapporteerd over de oorzaak van het terugroepen, inclusief de schimmel contaminant en de ongevaarlijke aard ervan. Hoewel de FDA onderzoekt klachten van ziekte in verband met de teruggeroepen yoghurt, is er geen bepaling gemaakt of een dergelijke link bestaat. Belangrijk is dat de gegevens die we hieronder presenteren op geen enkele manier blijkt dat de teruggeroepen Chobani yoghurt in staat was om ziekte te veroorzaken of veroorzaakte ziekte van welke aard dan ook.
onze studie werd uitsluitend uitgevoerd om nieuwsgierigheid te bevredigen, en ons experiment heeft verschillende tekortkomingen, waaronder: (a) een zeer kleine monsters grootte (n = 2), (b) de vergelijking van 0% vet aardbei en 2% vet lime aroma ‘ s, (c) inhomogeniteiten in de yoghurt cup, die kunnen leiden tot een niet-representatief monster wordt verzameld, (d) PCR-bias PCR-bias, (e) de mogelijkheid van een verkeerde identificatie van organismen het delen van een gemeenschappelijke 16S rDNA volgorde (f) sequencing fouten in mischaracterization van bacteriële taxonomie, (g) een onjuiste uitlijning databases en (h) mogelijkheid van DNA-vervuiling. Er kunnen andere tekortkomingen zijn waarvan wij ons niet bewust zijn.
hieronder zijn cirkeldiagrammen die de taxonomische volgorde tonen die geassocieerd wordt met de meest voorkomende 16s rDNA reads uit de normaal verschijnende aardbeienbeker en de teruggeroepen limoenbeker.
Chobani geeft aan dat ze drie probiotische culturen in hun yoghurt hebben: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei en Bifidus. De eerste twee behoren tot de taxonomische orde Lactobacillales en de laatste behoort tot Bifidobacteriales, wat overeenkomt met wat we vonden door bacterieel DNA te sequencen in de normale aardbeienkop.
de gedempte limoenyoghurt vertoont echter een aanzienlijk andere verdeling. Op een totaal van 1.950.616 reads voor dit monster, 190.331 (9,8%) behoorden tot de orde Oceanosprillales. Gelukkig bevatten de sequentiegegevens meer informatie dan de orde; ze geven ook inzicht in de taxonomische familie van de bacterie (Oceanrickettsiaceae) en het geslacht (Oceanrickettsia). Dit is waar de dingen extreem obscuur, echter, want afgezien van een paar sequentie vermeldingen in Genbank in Genbank op een organisme dat hetzelfde geslacht (Oceanrickettsia ariakensis), we weten bijna niets over deze bacteriën. Zo weinig, in feite, dat de taxonomische familie en het geslacht niet formeel zijn aanvaard en het organisme is gedegradeerd tot een lijst van “ongeclassificeerde Gammaproteobacteriën.”
from what little we can collean, two Chinese scientists affiliated with the South China Sea Institute of Oceanology, Drs. Xiangyun Wu en Yang Zhang, deponeerden de sequentiegegevens voor Oceanrickettsia ariakensis in de database in 2005 en gaven aan dat zij de bacterie geïsoleerd hadden uit een oester (Crassostrea ariakensis). Ze geloofden dat de bacterie de oester infecteerde en bijdroeg aan de massale afsterving ervan.
het is zeer belangrijk op te merken dat er geen bewijs is dat deze bacterie pathogeen zou zijn bij mensen. Bovendien blijkt het werk van Wu en Zhang niet onafhankelijk te zijn geverifieerd of aan peer review te zijn onderworpen (voor zover wij weten).
betekent dit dat de Chobani yoghurt recall iets te maken had met oesterbesmetting? Absoluut niet! Het is mogelijk dat de bacteriën waarvan we het DNA ontdekten al in kleine hoeveelheden aanwezig waren in een van de ingrediënten van de yoghurt.toen de schimmel de yoghurtcultuur overnam, creëerde het omstandigheden die het mogelijk maakten om te gedijen. Ter ondersteuning van deze theorie hebben we 198 reads waargenomen van de 1.713.939 in totaal die overeenkwamen met orde Oceanosprillales (0,012%) in de aardbeienyoghurt. Of misschien bieden onze bevindingen enig inzicht in de besmettingsbron. Het is nog te vroeg om dat te zeggen.
maar wat we kunnen zeggen is dat we nog veel meer te leren hebben over bacteriën. We kunnen slechts ongeveer 1% van de bacteriesoorten op de planeet cultiveren (en dus grondig bestuderen). Met de nieuwste generatie sequentietechnologieën kunnen we alles sequencen. Wat zou er nog meer zijn? Wij ook.
Ik ben niet gestopt met het eten van Chobani yoghurt en ben nog steeds een grote fan! Veel vertrouwde merken hebben geconfronteerd met een recall op een bepaald punt in hun geschiedenis. Microbiële besmetting is een constante zorg onder voedselproducenten en is niet ongewoon. De overgrote meerderheid van de tijd, de extra passagiers die we bacteriën noemen gaan gewoon mee voor de rit, volledig onopgemerkt.