tien jaar later, aan het begin van de Burgeroorlog, werd Jackson aangesteld als kolonel voor de Virginia forces en werd naar Harpers Ferry gestuurd. Later sloot hij zich aan bij andere Zuidelijke troepen.Het was tijdens de Eerste Slag bij Bull Run dat Jackson zijn bijnaam “Stonewall” kreeg.”Hij en zijn troepen stonden op tegen de vijandelijke aanval” als een stenen muur, “volgens Zuidelijke generaal Barnard Bee, die kolonel Jackson’ s voorbeeldige gedrag gebruikte om zijn troepen aan te moedigen.In November 1861 werd Jackson bevorderd tot generaal-majoor en kreeg hij het bevel over de gehele Shenandoah vallei. In een reeks veldslagen, bekend als de Valley Campaign, versloeg Jackson met succes de noordelijke strijdkrachten, met als hoogtepunt de veldslagen bij Cross Keys en Port Republic op 8 en 9 juni 1862.Jackson sloot zich aan bij generaal Robert E. Lee in wat later bekend werd als de zevendaagse slag. Hoewel zijn eerste prestaties niet indrukwekkend waren, kon Jackson de Noordelijke troepen verslaan in augustus 1862 in de slag bij Cedar Mountain, die het podium vormde voor de overwinning in de Tweede Slag bij Bull Run. Jackson was ook succesvol in de daaropvolgende Antietam-campagne, waar hij werd gepromoveerd tot luitenant-generaal. In December 1862 voerde Jackson het bevel over troepen in de slag bij Fredericksburg. In de daaropvolgende Slag bij Chancellorsville herhaalden Lee en Jackson de tactiek van de tweede Bull Run.; het betrof een snelle beweging van de troepen die hun overwinning tegen de Noordelijke troepen van generaal Hooker verzekerden op 2 mei 1863.
de complexe manoeuvre had echter fatale gevolgen. Toen nieuwe Noordelijke troepen oprukten tegen Jackson ‘ s mannen, drong hij er bij zijn troepen op aan om verder te marcheren. Om open vuur te vermijden, sneed Jackson door het bos en belandde aan de frontlinie van zijn eigen troepen. Omdat ze hem voor de vijand zagen, schoten de Zuidelijke soldaten Jackson neer. Zijn gewonde arm werd geamputeerd en hij ontwikkelde al snel een longontsteking. Jackson stierf op 10 mei 1863 in een ziekenhuis 30 mijl van de plaats van de slag.