Algeriet var under direkt militärt styre i flera år, under vilket partiet förblev i opposition till regeringen under den första delen av kriget, särskilt 1995 undertecknande av Sant ’ Egidio-plattformen, som var mycket kritisk mot militäretablissemanget. Efter interna maktkampar och en ledarskapsförändring återvände den till att stödja ordförandeskapet. Efter formell demokrati återställdes, FLN initialt misslyckats med att återfå sin framträdande position; i parlamentsvalet 1997 framkom det som det tredje största partiet, fick 14% av rösterna och vann 69 av de 231 platserna. Det vann dock en jordskredsseger i valet 2002 och vann 199 av de 389 platserna.
partiet nominerade Ali Benflis som sin kandidat för presidentvalet 2004. Han slutade som andra plats för den sittande Abdelaziz Bouteflika, men fick bara 6,4% av rösterna. 2005 bildade FLN Presidentalliansen med National Rally for Democracy (RND) och movement of Society for Peace (MSP).
parlamentsvalet 2007 minskade FLN till 163 platser, även om FLN: s Abdelaziz Belkhadem förblev premiärminister. Bouteflika var partiets kandidat i presidentvalet 2009, som han vann med 90% av rösterna.
2012 lämnade MSP Presidentalliansen och gick med i Green Algeria Alliance. Trots detta förblev FLN det största partiet efter parlamentsvalet 2012 och vann 208 av de 462 platserna. Bouteflika omvaldes på FLN-biljetten i presidentvalet 2014 med 82% av rösterna. De äldre och sjuka Bouteflika ses allmänt som en ren frontman för det som ofta har beskrivits som en” skuggig”grupp generaler och underrättelsetjänstemän som Algerierna kollektivt känner till som le pouvoir (”kraften”) och vars enskilda medlemmar kallas D. General Mohamed Medi 2990-2015 var känd för att vara en ledande D-chef inom Le pouvior och för hans hemlighet med The Economist som rapporterade den 21 September 2013: ”trots hans ledande roll i att besegra islamiska militanter i ett brutalt inbördeskrig mellan 1991 och 2000, och hans mindre offentliga roll som kungmakare i pouvoir, förblir General Medienes ansikte okänt; det sägs att alla som har sett det går ut strax efter.”Den 13 September 2015 meddelades det att Medi Jacobne gick i pension och President Bouteflika hade utsett General Athmane Tartag för att efterträda honom. Medi sackaros avskedande betraktades som kulminationen på en lång ”bakom kulisserna maktkamp” med Bouteflika, vilket lämnade den senare helt ansvarig och gav honom mer makt att bestämma sin egen efterträdare.
i parlamentsvalet 2017 vann FLN 164 av de 462 platserna och förlorade därmed 44 platser; men tack vare RND: s goda resultat (som vann 100 platser) kunde Presidentalliansen upprätthålla en parlamentarisk majoritet och fortsätta att styra landet.
förhållande till Judiska Algerierredigera
judar i Algeriet fick franskt medborgarskap under kolonialtiden som började 1870, medan muslimer nekades medborgarskap av fransmännen. Judarna i Algeriet sågs som en mellanhand för fransk-muslimska relationer; i alla fall, bristen på medborgarskap på muslimernas vägnar skapade spänningar mellan de två grupperna. Under Algeriska kriget kände judar som om de tvingades välja sida; de var antingen algeriska och kämpade med FLN för självständighet, eller de var franska och kämpade med fransmännen för att hålla Algeriet som en koloni. I början av algeriska kriget, FLN erbjöd judar möjlighet att gå med i deras ansträngningar, och i gengäld skulle judar få Algeriskt medborgarskap när Algeriet vann självständighet. De flesta judar i Algeriet ställde sig bakom den franska regeringen, mycket till bestörtning för FLN och deras anhängare. Under krigets gång började judar i Algeriet känna sig som om FLN riktade sig mot judar och inte bara det franska folket som bodde i Algeriet. Detta ledde till ökade spänningar mellan judar och muslimer i området. Efter kriget utvidgades Algeriskt medborgarskap endast till muslimer vars fäder och farfar var muslimer vid den tidpunkt då FLN vann självständighet från den franska regeringen. Algeriska judar ansågs inte längre Algeriska, men de behöll fortfarande franskt medborgarskap. Med sitt franska medborgarskap beslutade majoriteten av judarna i Algeriet att emigrera till Frankrike, med ett litet antal judar som bestämde sig för att emigrera till Israel och ett ännu mindre antal judar som bestämde sig för att stanna i Algeriet under FLN: s styre.