forholdene om bord på skibet under den midterste Passage var forfærdelige. Mændene blev pakket sammen under dækket og blev sikret med benjern. Rummet var så trangt, at de blev tvunget til at krumme eller ligge ned. Kvinder og børn blev holdt i separate kvarterer, undertiden på dækket, hvilket tillod dem begrænset bevægelsesfrihed, men dette udsatte dem også for vold og seksuelt misbrug fra besætningen.
luften i lastrummet var modbydeligt og rådden. Søsyge var almindelig, og varmen var undertrykkende. Manglen på sanitet og kvælende forhold betød, at der var en konstant trussel om sygdom. Epidemier af feber, dysenteri og kopper var hyppige. Fanger udholdt disse forhold i cirka to måneder, nogle gange længere.
i godt vejr blev fangerne bragt på dækket midt om morgenen og tvunget til at træne. De blev fodret to gange om dagen, og de, der nægtede at spise, blev tvangsfodret. De, der døde, blev kastet overbord.
kombinationen af sygdom, utilstrækkelig mad, oprør og straf tog en tung vejafgift på både fanger og besætning. Overlevende optegnelser antyder, at indtil 1750 ‘ erne døde en ud af fem afrikanere om bord på skibet.
nogle europæiske regeringer, såsom briterne og franskmændene, indførte love til kontrol af forholdene om bord. De reducerede antallet af personer, der var tilladt om bord, og krævede, at en kirurg blev båret. Hovedårsagen til at handle var bekymring for besætningen og ikke fangerne.
kirurgerne blev, selvom de ofte var ukvalificerede, betalt hovedpenge for at holde fanger i live. Omkring 1800 viser optegnelser, at antallet af afrikanere, der døde, var faldet til omkring en ud af atten.