Una década más tarde, al comienzo de la Guerra Civil, Jackson fue comisionado para servir como coronel para las fuerzas de Virginia y fue enviado al Harpers Ferry. Más tarde, se unió a otras fuerzas confederadas.
Fue en la primera batalla de Bull Run que Jackson se ganó el apodo de «Stonewall».»Él y sus tropas se enfrentaron al asalto enemigo como un muro de piedra», según el General Confederado Barnard Bee, quien utilizó la conducta ejemplar del Coronel Jackson para alentar a sus fuerzas.
En noviembre de 1861, Jackson fue ascendido a general de división, y se le dio el mando de todo el Valle de Shenandoah. En una serie de batallas, conocidas como la Campaña del Valle, Jackson derrotó con éxito a las fuerzas de la Unión, el esfuerzo culminó en las batallas de Cross Keys y Port Republic el 8 y 9 de junio de 1862.
Jackson se unió al general Robert E. Lee en lo que se conoció como la batalla de los Siete Días. Aunque su actuación inicial no fue impresionante, Jackson fue capaz de derrotar a las fuerzas de la Unión en agosto de 1862 en la batalla de Cedar Mountain, que preparó el escenario para la victoria en la segunda batalla de Bull Run.
Jackson también tuvo éxito en la posterior campaña Antietam, donde fue ascendido a teniente general.
En diciembre de 1862, Jackson comandó tropas en la batalla de Fredericksburg. En la subsiguiente batalla de Chancellorsville, Lee y Jackson repitieron las tácticas de la segunda corrida de Toros; implicó un movimiento de giro rápido de las tropas que aseguró su victoria contra las fuerzas de la Unión del General Hooker el 2 de mayo de 1863.
Sin embargo, la compleja maniobra tuvo consecuencias fatales. A medida que las tropas de la Unión avanzaban sobre los hombres de Jackson, instó a sus fuerzas a continuar marchando. Para evitar el fuego abierto, Jackson atravesó el bosque y terminó en el frente de sus propias tropas. Confundiéndolo con el enemigo, los soldados confederados le dispararon a Jackson. Su brazo herido fue amputado, y pronto desarrolló neumonía. Jackson murió el 10 de mayo de 1863 en un hospital a 30 millas del lugar de la batalla.