El rey de Eswatini, Mswati II, invitó a misioneros cristianos metodistas a su reino en 1825. La primera iglesia que se estableció en el país fue la Misión Metodista Wesleyana, establecida en Mahamba en 1844. Las misiones cristianas fracasaron en gran medida hasta 1881, y tuvieron pocas conversiones en su haber. Una mayor presencia de misioneros comenzó en 1881, cuando los miembros de la Sociedad Unida llegaron para establecer la presencia de la Iglesia de Inglaterra. Los luteranos llegaron en 1887 desde Alemania, y los metodistas reanudaron sus esfuerzos en 1895 fuera de sus misiones cristianas en Sudáfrica.
Una iglesia de estilo gótico, que fue construida en 1912, sigue en pie en Mahamba, y es el lugar de culto más antiguo del país.En el país existe una gran presencia católica romana, que incluye iglesias, escuelas y otras infraestructuras. El país forma una sola diócesis, la Diócesis de Manzini. Las Iglesias sionistas, que mezclan el cristianismo y el culto ancestral indígena, y se desarrollaron a principios del siglo XIX, predominan en las zonas rurales. Los días festivos cristianos, como el Viernes Santo, Navidad y el Día de la Ascensión, forman parte del calendario festivo nacional.
El cristianismo seguido por el pueblo suazi incorpora rituales, cantos, bailes e iconografía de la religión tradicional suazi. Según Sibongile Nxumalo, los misioneros cristianos que ignoraron o malinterpretaron «los aspectos positivos de las creencias, costumbres e instituciones tradicionales de la sociedad suazi» han fracasado en gran medida. Las misiones más exitosas han adoptado un enfoque sincrético.
Las organizaciones cristianas de Eswatini han estado estrechamente involucradas en la política del país. La Liga de Iglesias Africanas de Suazilandia de la época colonial ha tenido una larga relación con la realeza de Eswatini, y celebró ceremonias públicas como la Pascua en nombre del Rey. Las iglesias sionistas celebran el Viernes Santo durante tres días con cantos y bailes. La Conferencia de Iglesias de Eswatini ha intentado históricamente ser apolítica, pero en 2004 hicieron campaña para hacer del cristianismo la religión del Estado a través de una enmienda constitucional, una medida a la que se opuso el Rey. La tercera organización cristiana políticamente influyente en Eswatini ha sido el Consejo de Iglesias de Eswatini, establecido en 1976 cuando los refugiados inundaron Eswatini, y este grupo expresó puntos de vista sobre el Apartheid en Sudáfrica y la guerra civil en curso en la cercana Mozambique. Sus opiniones contradecían la posición del Estado, y los líderes de este nuevo Consejo fueron amenazados con arrestos y penas de prisión.