Les conditions à bord du navire pendant le passage du Milieu étaient épouvantables. Les hommes étaient regroupés sous le pont et étaient sécurisés par des fers à jambe. L’espace était tellement exigu qu’ils ont été obligés de s’accroupir ou de s’allonger. Les femmes et les enfants étaient gardés dans des quartiers séparés, parfois sur le pont, leur laissant une liberté de mouvement limitée, mais cela les exposait également à la violence et aux abus sexuels de la part de l’équipage.
L’air dans la cale était sale et putride. Le mal de mer était courant et la chaleur était oppressante. Le manque d’assainissement et les conditions suffocantes signifiaient qu’il y avait une menace constante de maladie. Les épidémies de fièvre, de dysenterie (le « flux « ) et de variole étaient fréquentes. Les captifs ont enduré ces conditions pendant environ deux mois, parfois plus longtemps.
Par beau temps, les captifs ont été amenés sur le pont en milieu de matinée et forcés de faire de l’exercice. Ils étaient nourris deux fois par jour et ceux qui refusaient de manger étaient nourris de force. Ceux qui sont morts ont été jetés à la mer.
La combinaison de la maladie, de l’insuffisance de nourriture, de la rébellion et de la punition a fait un lourd tribut aux captifs et à l’équipage. Les documents survivants suggèrent que jusqu’aux années 1750, un Africain sur cinq à bord d’un navire est décédé.
Certains gouvernements européens, comme les Britanniques et les Français, ont introduit des lois pour contrôler les conditions à bord. Ils ont réduit le nombre de personnes autorisées à bord et ont nécessité le transport d’un chirurgien. La principale raison pour laquelle il a agi était le souci de l’équipage et non des captifs.
Les chirurgiens, bien que souvent non qualifiés, étaient payés pour garder les captifs en vie. Vers 1800, les archives montrent que le nombre d’Africains décédés était tombé à environ un sur dix-huit.