Missouri Western State University grundades 1915 som en tvåårig institution som heter St.Joseph Junior College och höll kurser på den ursprungliga platsen för Central High School vid 13th och Patee. 1933 när Central High School flyttade till sin nuvarande plats flyttade junior college till Robidoux Polytechnic High School-byggnaden på 10th Street mellan Edmond och Charles. År 1917 antog den Griffon som sin maskot.
inrättandet av en fyraårig skola var en central kampanjfråga i 1964 Demokratiska gubernatorial primär, när Warren Hearnes av Bootheel utmanade Hilary A. Bush av Kansas City. Hearnes lovade att förvandla skolan till en fyraårig institution trots närvaron av ett annat statligt universitet (Northwest Missouri State University) 40 miles (64 km) norrut i Maryville.
Hearnes vann knappt primärvalet och vann sedan allmänna val. Ett år senare, högskolan blev Missouri Western Junior College, och överfördes från St. Joseph School District till Missouri Western Junior College District, bestående av 11 skoldistrikt i fem län. Högskolan beviljades fyraårig status som Missouri Western College 1969 under Hearnes andra mandatperiod. Missouri Western Junior College district finansierade de första två åren, med staten som finansierade de sista två åren.
år senare namngav Missouri Western sitt bibliotek efter Hearnes; skoltjänstemän sa att Missouri Western aldrig skulle ha blivit ett fyraårigt college utan honom.
strax efter konverteringen förvärvade skolan gården St. Joseph State Hospital # 2, på östra sidan av Interstate 29, för sitt campus på den östra kanten av St.Joseph. Den ursprungliga planen hade krävt att den skulle byggas mittemot sjukhuset, strax väster om biskop LeBlond High School och närmare centrala St.Joseph.
skolan blev Missouri Western State College 1973 och fick fullt stöd av staten 1977. Det beviljades universitetsstatus 2005 och började erbjuda examen 2007.
1988 rekommenderade Shalia Aery, kommissionär för högre utbildning under guvernör John Ashcroft Northwest att stänga och lämna Missouri Western som den överlevande skolan. Den planen tappades slutligen.
lagstiftning 2005 ändrade institutionens namn till Missouri Western State University. Den lagstiftningen utsåg Missouri Western till Missouri ’ s Applied Learning Institution och tillät den att bevilja magisterexamen. Universitetet hooded sina första 12 magisterexamen mottagare maj 2009. Under de första sex åren som erbjuder examen har examen på Western ökat med 100% eller mer varje år. Från och med 2016 erbjuder Western 18 magisterexamen och sex examensbevis.
under 2010 var Stephen L. Craig School of Business ackrediterad av AACSB International.
från och med April 2020 kommer skolan att fasa ut eller radikalt revidera nästan 100 av sina examenserbjudanden. Dessa förändringar är ett svar på år av ”nedåtgående studentinskrivningstrender, ansträngda Statliga finansieringsresurser, stigande kostnader, uppskjutna underhållsbehov, långfristig skuld nu den ekonomiska effekten av covid-19”.
universitetets mest synliga företagstillhörighet är med Hillyard, Inc., ett städföretag. Skolans Spratt Memorial Stadium är uppkallad efter Elliot” Bub ” Spratt, en chef på företaget. Leah Spratt Hall är uppkallad efter en syster till Elliot. Universitetet är värd för Hillyard Tip Off Basketball Classic-turneringen.